+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wfc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | N5, N10-methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase | ||||||
要素 | Bifunctional protein FolD | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Apo structure | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine biosynthetic process / L-histidine biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Hwang, J. / Lee, J.H. / Do, H. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Crystals / 年: 2023 タイトル: Crystal Structure and Sequence Analysis of N5, N10-Methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase/Cyclohydrolase Enzyme from Porphyromonas gingivalis 著者: Im, S. / Do, H. / Hwang, J. / Shim, Y.S. / Lee, J.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wfc.cif.gz | 71.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8wfc.ent.gz | 50.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wfc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wfc_validation.pdf.gz | 426.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8wfc_full_validation.pdf.gz | 431 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8wfc_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wfc_validation.cif.gz | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wfc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31973.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: folD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MVE9 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.62 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium Potassium phosphate, MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 27821 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26 % / Biso Wilson estimate: 35.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 59.67 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.304 / Num. unique obs: 1347 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→35 Å / SU ML: 0.2019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.4468 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→35 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|