PDB-8wf5: Horse heart myoglobin reconstituted with an iron complex of porph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wf5

タイトル

Horse heart myoglobin reconstituted with an iron complex of porphyrin bearing two CF3 groups (rMb(FePor(CF3)2))

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / Myoglobin

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Kagawa, Y. / Oohora, K. / Himiyama, T. / Suzuki, A. / Hayashi, T.

資金援助

日本, 11件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP15H05804	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP18KK0156	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP20H02755	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP20H00403	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP20KK0315	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP22H05364	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP22K21348	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP23H03832	日本
Japan Science and Technology	JPMJPR15S2	日本
Japan Science and Technology	JPMJPR22A3	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP21J20563	日本

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: Redox Engineering of Myoglobin by Cofactor Substitution to Enhance Cyclopropanation Reactivity.
著者: Kagawa, Y. / Oohora, K. / Himiyama, T. / Suzuki, A. / Hayashi, T.

履歴

登録	2023年9月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wf5.cif.gz	52.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wf5.ent.gz	33.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wf5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wf5_validation.pdf.gz	842.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wf5_full_validation.pdf.gz	846.6 KB	表示
XML形式データ	8wf5_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	8wf5_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wf5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wf5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

ヘテロ分子

18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.260, 28.740, 63.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.472, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 16983.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物	ChemComp-WC5 / PROTOPORPHYRIN(CF3)2 CONTAINING FE 分子量: 700.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₂₆F₆FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2.8 M ammonium sulfate, 100 mM Tis-HCl buffer (pH 7.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→33.792 Å / Num. obs: 12813 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / R_merge(I) obs: 0.738 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 698 / CC_1/2: 0.681
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→33.792 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 2.9 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2155	639	4.991 %
R_work	0.1572	12165	-
all	0.16	-	-
obs	-	12804	95.724 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.474 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.008 Å²	0 Å²	0.006 Å²
2-	-	-0.005 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→33.792 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1194	0	68	144	1406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.973	1.725	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.525	1.629	2813
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.238	5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.934	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.74	10	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.876	10	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	184
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	262
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.752	1.819	607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.739	1.818	607
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.786	3.252	757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.799	3.261	758
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.839	2.236	685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.838	2.238	686
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.386	3.903	998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.384	3.905	999
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.638	24.484	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.535	22.378	1580

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.72-1.765	0.344	52	0.227	905	0.232	989	0.924	0.961	96.7644	0.187
1.765-1.813	0.26	39	0.216	874	0.218	939	0.952	0.964	97.2311	0.182
1.813-1.865	0.293	43	0.209	836	0.213	921	0.942	0.969	95.4397	0.171
1.865-1.922	0.282	61	0.205	810	0.211	901	0.953	0.971	96.6704	0.18
1.922-1.985	0.257	36	0.19	803	0.194	880	0.96	0.975	95.3409	0.161
1.985-2.055	0.245	39	0.176	786	0.179	862	0.96	0.979	95.7077	0.155
2.055-2.132	0.251	33	0.173	715	0.177	777	0.966	0.98	96.2677	0.15
2.132-2.219	0.246	60	0.163	698	0.169	798	0.963	0.982	94.9875	0.147
2.219-2.317	0.227	37	0.155	684	0.159	756	0.968	0.984	95.3704	0.135
2.317-2.429	0.14	35	0.149	651	0.149	719	0.983	0.985	95.4103	0.134
2.429-2.56	0.182	29	0.144	631	0.146	699	0.976	0.986	94.4206	0.129
2.56-2.714	0.192	17	0.151	604	0.152	652	0.971	0.985	95.2454	0.141
2.714-2.9	0.232	31	0.142	567	0.146	617	0.97	0.987	96.9206	0.137
2.9-3.131	0.175	32	0.149	513	0.15	569	0.975	0.987	95.7821	0.147
3.131-3.427	0.265	13	0.148	492	0.152	526	0.958	0.985	96.0076	0.152
3.427-3.826	0.133	16	0.124	447	0.124	491	0.992	0.991	94.2973	0.131
3.826-4.409	0.111	13	0.118	398	0.118	429	0.996	0.992	95.8042	0.135
4.409-5.377	0.226	26	0.134	332	0.14	373	0.978	0.989	95.9786	0.149
5.377-7.51	0.19	15	0.188	259	0.188	295	0.979	0.981	92.8814	0.201
7.51-33.792	0.233	12	0.138	160	0.143	181	0.974	0.987	95.0276	0.168

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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