PDB-8wf4: The Crystal Structure of RSK1 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wf4

タイトル

The Crystal Structure of RSK1 from Biortus.

要素

Ribosomal protein S6 kinase alpha-1

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Serine / threonine-protein kinase / Cell cycle / Host-virus interaction / Stress response / ATP-binding / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / positive regulation of hepatic stellate cell activation / hepatocyte proliferation / CREB phosphorylation / TORC1 signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / negative regulation of TOR signaling / ERK/MAPK targets ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Qi, J. / Li, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of RSK1 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Qi, J. / Li, J.

履歴

登録	2023年9月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wf4.cif.gz	131.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wf4.ent.gz	98.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wf4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (5)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (3)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (3)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-1

B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-1

ヘテロ分子

73.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ribosomal protein S6 kinase alpha-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.676, 143.632, 60.228
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.830, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ribosomal protein S6 kinase alpha-1 分子量: 36519.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15418
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes pH7.0, 15% PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.953719 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953719 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→47.88 Å / Num. obs: 19469 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.65→2.78 Å / R_merge(I) obs: 0.888 / Num. unique obs: 2577

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.65→46.049 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 36.517 / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.418 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	948	4.876 %
R_work	0.239	18494	-
all	0.242	-	-
obs	-	19442	99.846 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.519 Å²	0 Å²	-0.933 Å²
2-	-	-5.541 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.938 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→46.049 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4559	0	16	72	4647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	4663
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.637	1.656	6295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.231	1.57	10061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.664	5	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.659	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.292	10	837
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	9.437	10	206
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.032	0.2	704
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.03	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.171	0.2	886
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	4225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.046	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.106	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.76	8.273	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.759	8.273	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.122	12.397	2878
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.121	12.398	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.331	8.412	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.331	8.411	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.45	12.543	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.45	12.543	3418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.545	101.939	5099
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.54	101.951	5098

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.719	0.396	66	0.396	1342	X-RAY DIFFRACTION	99.929
2.719-2.793	0.464	79	0.416	1331	X-RAY DIFFRACTION	99.6466
2.793-2.873	0.314	64	0.314	1304	X-RAY DIFFRACTION	99.854
2.873-2.962	0.344	62	0.344	1232	X-RAY DIFFRACTION	99.8457
2.962-3.058	0.406	69	0.361	1235	X-RAY DIFFRACTION	99.9234
3.058-3.165	0.337	64	0.337	1149	X-RAY DIFFRACTION	99.3448
3.165-3.284	0.367	59	0.277	1136	X-RAY DIFFRACTION	99.8329
3.284-3.417	0.294	50	0.275	1078	X-RAY DIFFRACTION	99.9114
3.417-3.568	0.328	48	0.246	1074	X-RAY DIFFRACTION	99.9109
3.568-3.741	0.353	51	0.221	995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.741-3.942	0.302	48	0.202	966	X-RAY DIFFRACTION	100
3.942-4.18	0.28	45	0.189	885	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.466	0.215	47	0.16	861	X-RAY DIFFRACTION	100
4.466-4.82	0.199	38	0.154	786	X-RAY DIFFRACTION	99.8788
4.82-5.274	0.346	45	0.175	731	X-RAY DIFFRACTION	100
5.274-5.887	0.283	32	0.216	667	X-RAY DIFFRACTION	99.8571
5.887-6.779	0.333	33	0.244	595	X-RAY DIFFRACTION	99.841
6.779-8.258	0.353	28	0.189	489	X-RAY DIFFRACTION	100
8.258-11.495	0.2	11	0.141	398	X-RAY DIFFRACTION	100
11.495-46.049	0.183	9	0.183	240	X-RAY DIFFRACTION	99.6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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