PDB-8weu: Crystal structure of Feruoyl-CoA Synthetase from Amycolatopsis th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8weu

タイトル

Crystal structure of Feruoyl-CoA Synthetase from Amycolatopsis thermoflava

要素

Fatty-acyl-CoA synthase

キーワード

LIGASE / Feruloyl-CoA Synthetase

機能・相同性

機能・相同性情報

ligase activity, forming carbon-sulfur bonds / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis thermoflava N1165 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seok, J. / Kim, K.-J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis of feruloyl-CoA synthetase from Amycolatopsis thermoflava
著者: Seok, J. / Kim, K.-J.

履歴

登録	2023年9月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8weu.cif.gz	107.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8weu.ent.gz	80.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8weu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/8weu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/8weu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Fatty-acyl-CoA synthase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fatty-acyl-CoA synthase

ヘテロ分子

A: Fatty-acyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.918, 134.918, 139.558
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-686- HOH
2	1	A-718- HOH

#1: タンパク質	Fatty-acyl-CoA synthase 分子量: 53151.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis thermoflava N1165 (バクテリア) 遺伝子: EDD35_5915 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3N2H3K2
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, Ammonium sulfate, Bis-Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 36835 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.114 / Χ²: 5.337 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 236728

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	4.6	0.299	1823	0.89	0.97	0.136	0.331	1.65	97.5
2.14-2.18	4.7	0.288	1788	0.91	0.976	0.128	0.317	1.813	96
2.18-2.22	4.9	0.284	1790	0.902	0.974	0.124	0.312	2.045	96.3
2.22-2.26	5.6	0.267	1830	0.933	0.983	0.11	0.291	2.269	98.5
2.26-2.31	5	0.249	1798	0.935	0.983	0.106	0.273	2.436	95.5
2.31-2.37	5.2	0.229	1806	0.975	0.994	0.096	0.25	2.704	96.3
2.37-2.42	5.3	0.221	1787	0.955	0.989	0.092	0.241	2.589	96.6
2.42-2.49	5.5	0.214	1814	0.965	0.991	0.087	0.233	2.951	97
2.49-2.56	5.7	0.196	1788	0.968	0.992	0.078	0.212	3.687	96.1
2.56-2.65	5.8	0.181	1819	0.978	0.994	0.071	0.195	3.792	96.3
2.65-2.74	6.1	0.17	1815	0.979	0.995	0.064	0.183	4.441	96.8
2.74-2.85	6.4	0.159	1810	0.983	0.996	0.06	0.171	4.802	97.2
2.85-2.98	6.8	0.148	1838	0.985	0.996	0.054	0.158	5.788	97.3
2.98-3.14	7.1	0.137	1839	0.988	0.997	0.049	0.146	6.691	97.3
3.14-3.33	7.6	0.128	1849	0.99	0.998	0.044	0.135	7.932	98.1
3.33-3.59	7.9	0.118	1872	0.993	0.998	0.041	0.125	8.9	98
3.59-3.95	8.3	0.104	1898	0.992	0.998	0.036	0.111	9.071	99.4
3.95-4.52	8.4	0.093	1906	0.994	0.999	0.032	0.099	8.901	99.5
4.52-5.7	8.6	0.083	1930	0.995	0.999	0.029	0.088	7.2	99.4
5.7-50	8.1	0.065	2035	0.995	0.999	0.024	0.069	4.807	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→32.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 4.849 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25018	1874	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19994	-	-	-
obs	0.20247	34955	97.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.683 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.64 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.64 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→32.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3580	0	7	126	3713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3680
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.64	5014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.297	1.573	8078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.472	5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.247	20.055	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.768	15	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.995	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4199
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	821
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.444	4.272	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.444	4.27	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.93	6.393	2404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.929	6.395	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.68	4.602	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.678	4.603	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.594	6.766	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.748	50.227	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.748	50.215	3901
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.152 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	134	-
R_work	0.291	2495	-
obs	-	-	94.57 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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