+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wes | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Carbonic Anhydrase II T200V variant 5 atm CO2 pressure (pH 7.8) | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Carbonic Anhydrase / enzyme mechanism / metalloenzymes | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, C.U. / Kim, J.K. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Temperature series of human Carbonic Anhydrase II with photolysis of caged CO2 著者: Kim, C.U. / Kim, J.K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wes.cif.gz | 135.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8wes.ent.gz | 103.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wes.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wes_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8wes_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wes_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wes_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/8wes ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/8wes | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7y2aC 7y2cC 7y2eC 7y2fC 7y2gC 7y2hC 7y2iC 7y2jC 7y2kC 7y2lC 7y2mC 7y2nC 7y2oC 7y2qC 7y2rC 7y2sC 7y2tC 7y2uC 7y2vC 7y2wC 7y2xC 8wepC 8werC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29287.090 Da / 分子数: 1 / 変異: T200V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-BCT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.96 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3M sodium citrate, 50mM Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6D / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2023年3月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 41806 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 26 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2031 / CC1/2: 0.826 / CC star: 0.951 / Rpim(I) all: 0.246 / Rrim(I) all: 0.537 / % possible all: 94.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.117 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.572 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.45→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|