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- PDB-8weo: Bacteroides fragilis toxin in complex with neutralization nanobody -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8weo | ||||||
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Title | Bacteroides fragilis toxin in complex with neutralization nanobody | ||||||
![]() |
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![]() | TOXIN/IMMUNE SYSTEM / Bacteroides fragilis toxin / BFT / Nanobody / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | ![]() fragilysin / metallopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, Y. / Wen, Y. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Bacteroides fragilis toxin in complex with neutralization nanobody Authors: Guo, Y. / Wen, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 265.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 212.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 38.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 55 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 20698.967 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 14013.346 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 25% w/v Polyethylene glycol 4,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→30.42 Å / Num. obs: 222554 / % possible obs: 99.96 % / Redundancy: 12.7 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.14 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.554 Å / Num. unique obs: 11227 / CC1/2: 0.512 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→30.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 4.6208 Å / Origin y: -38.5342 Å / Origin z: 16.3877 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |