PDB-8wen: Bacteroides fragilis toxin 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wen

タイトル

Bacteroides fragilis toxin 2

要素

Metalloprotease

キーワード

TOXIN / Bacteroides fragilis / BFT1 / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Guo, Y. / Wen, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacteroides fragilis toxin 2
著者: Guo, Y. / Wen, Y.

履歴

登録	2023年9月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wen.cif.gz	155.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wen.ent.gz	119.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/8wen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/8wen	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (3) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (3)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Metalloprotease

A: Metalloprotease

ヘテロ分子

89.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Metalloprotease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Metalloprotease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.354, 99.579, 114.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Metalloprotease 分子量: 44541.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 遺伝子: bft-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05091
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.08 %
結晶化	温度: 193 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4% v/v Tacsimate pH 5.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350, 32 mg mL-1.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→43.26 Å / Num. obs: 135806 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.76
反射シェル	解像度: 1.97→2.041 Å / Num. unique obs: 6653 / CC_1/2: 0.626

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.97→43.26 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2097	3810	2.81 %
R_work	0.1803	-	-
obs	0.1811	135806	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→43.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5302	0	3	442	5747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5450
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.823	7375
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.986	734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	805
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	951

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-2	0.5195	125	0.3948	4274	X-RAY DIFFRACTION	87
2-2.02	0.3079	142	0.3068	4875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.3121	146	0.2848	4967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.3092	144	0.2672	4901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.2958	139	0.2614	4921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.14	0.2582	141	0.236	4889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.18	0.2926	139	0.2289	4932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.262	144	0.2336	4919	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.26	0.2492	140	0.2302	4910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.3	0.2345	144	0.2148	4905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.35	0.2484	145	0.2061	4885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.4	0.2548	143	0.2039	4905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.45	0.288	145	0.2032	4956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.2607	141	0.1927	4849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.58	0.1955	142	0.1959	4964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.66	0.223	144	0.1901	4902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.74	0.1945	142	0.1823	4884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.84	0.2331	140	0.1837	4918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.96	0.2318	138	0.1938	4948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.09	0.2037	144	0.1893	4900	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.25	0.2174	143	0.1891	4911	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.46	0.2003	144	0.1804	4923	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.72	0.194	147	0.1616	4905	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.1	0.1747	143	0.1512	4923	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.69	0.1569	135	0.1335	4875	X-RAY DIFFRACTION	100
4.69-5.91	0.2102	137	0.1507	4938	X-RAY DIFFRACTION	100
5.91-43.26	0.1557	133	0.1645	4917	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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