[日本語] English
万見
- PDB-8wej: Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the activated state -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wej
タイトルStructure of human phagocyte NADPH oxidase in the activated state
要素
  • (Cytochrome b-245 ...) x 2
  • 7D5 Fab heavy chain
  • 7D5 Fab light chain
  • Neutrophil cytosol factor 1
  • Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a
  • Rac family small GTPase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / NOX2 / p22 / CYBA / CYBB / TP1170 / NOX / p67 / Rac / p47
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glomerular filtration by angiotensin / smooth muscle hypertrophy / superoxide-generating NADPH oxidase activity / 酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / neutrophil-mediated killing of gram-positive bacterium / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / positive regulation of mucus secretion / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / cellular response to L-glutamine ...negative regulation of glomerular filtration by angiotensin / smooth muscle hypertrophy / superoxide-generating NADPH oxidase activity / 酸化還元酵素; 酸素が電子受容体 / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / neutrophil-mediated killing of gram-positive bacterium / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / positive regulation of mucus secretion / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / cellular response to L-glutamine / neutrophil-mediated killing of fungus / phagolysosome / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of defense response to bacterium / mucus secretion / perinuclear endoplasmic reticulum / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / leukotriene metabolic process / NADPH oxidase complex / cytochrome complex assembly / response to yeast / cellular response to testosterone stimulus / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / respiratory burst involved in defense response / response to angiotensin / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / ROS and RNS production in phagocytes / response to aldosterone / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / hydrogen peroxide biosynthetic process / protein targeting to membrane / superoxide anion generation / small GTPase-mediated signal transduction / superoxide metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to cadmium ion / cellular response to ethanol / tertiary granule membrane / cellular response to angiotensin / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / monoatomic ion channel complex / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / cellular defense response / NADPH binding / specific granule membrane / stress fiber / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of endothelial cell proliferation / response to nutrient / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / phosphatidylinositol binding / FAD binding / response to interleukin-1 / positive regulation of phagocytosis / secretory granule / epithelial cell proliferation / response to activity / small monomeric GTPase / cellular response to glucose stimulus / response to nutrient levels / establishment of localization in cell / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to gamma radiation / defense response / SH3 domain binding / positive regulation of interleukin-6 production / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to tumor necrosis factor / nuclear envelope / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of cell growth / monoatomic ion transmembrane transport / response to hypoxia / electron transfer activity / endosome / apical plasma membrane / inflammatory response / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / innate immune response / focal adhesion / neuronal cell body / GTPase activity / heme binding / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / GTP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b245, heavy chain / Cytochrome b558 alpha-subunit / Cytochrome Cytochrome b558 alpha-subunit / Neutrophil cytosol factor 1 / Neutrophil cytosol factor 1, C-terminal / Neutrophil cytosol factor 1, PBR/AIR / Neutrophil cytosol factor 1, PX domain / Neutrophil cytosol factor 1, first SH3 domain / Neutrophil cytosol factor 1, second SH3 domain / NADPH oxidase subunit p47Phox, C terminal domain ...Cytochrome b245, heavy chain / Cytochrome b558 alpha-subunit / Cytochrome Cytochrome b558 alpha-subunit / Neutrophil cytosol factor 1 / Neutrophil cytosol factor 1, C-terminal / Neutrophil cytosol factor 1, PBR/AIR / Neutrophil cytosol factor 1, PX domain / Neutrophil cytosol factor 1, first SH3 domain / Neutrophil cytosol factor 1, second SH3 domain / NADPH oxidase subunit p47Phox, C terminal domain / Neutrophil cytosol factor 1, PBR/AIR / : / Ferric reductase, NAD binding domain / : / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Small GTPase Rho / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / SH3 domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / : / small monomeric GTPase / NADPH oxidase 2 / Cytochrome b-245 light chain / Neutrophil cytosol factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Chen, L. / Liu, X.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31821091 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFA1303000 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32225027 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structure of human phagocyte NADPH oxidase in the activated state.
著者: Xiaoyu Liu / Yiting Shi / Rui Liu / Kangcheng Song / Lei Chen /
要旨: Phagocyte NADPH oxidase, a protein complex with a core made up of NOX2 and p22 subunits, is responsible for transferring electrons from intracellular NADPH to extracellular oxygen. This process ...Phagocyte NADPH oxidase, a protein complex with a core made up of NOX2 and p22 subunits, is responsible for transferring electrons from intracellular NADPH to extracellular oxygen. This process generates superoxide anions that are vital for killing pathogens. The activation of phagocyte NADPH oxidase requires membrane translocation and the binding of several cytosolic factors. However, the exact mechanism by which cytosolic factors bind to and activate NOX2 is not well understood. Here we present the structure of the human NOX2-p22 complex activated by fragments of three cytosolic factors: p47, p67 and Rac1. The structure reveals that the p67-Rac1 complex clamps onto the dehydrogenase domain of NOX2 and induces its contraction, which stabilizes the binding of NADPH and results in a reduction of the distance between the NADPH-binding domain and the flavin adenine dinucleotide (FAD)-binding domain. Furthermore, the dehydrogenase domain docks onto the bottom of the transmembrane domain of NOX2, which reduces the distance between FAD and the inner haem. These structural rearrangements might facilitate the efficient transfer of electrons between the redox centres in NOX2 and lead to the activation of phagocyte NADPH oxidase.
履歴
登録2023年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b-245 light chain
B: Cytochrome b-245 heavy chain
C: Neutrophil cytosol factor 1
D: Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a
E: Rac family small GTPase 1
H: 7D5 Fab heavy chain
L: 7D5 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,88217
ポリマ－229,5157
非ポリマー4,36710
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Cytochrome b-245 ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cytochrome b-245 light chain


分子量: 21005.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYBA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13498
#2: タンパク質 Cytochrome b-245 heavy chain


分子量: 65412.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYBB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04839

-
タンパク質 , 3種, 3分子 CDE

#3: タンパク質 Neutrophil cytosol factor 1


分子量: 32813.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCF1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14598
#4: タンパク質 Neutrophil cytosolic factor 2 (65kDa, chronic granulomatous disease, autosomal 2), isoform CRA_a


分子量: 34978.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCF2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A024R936
#5: タンパク質 Rac family small GTPase 1


分子量: 21463.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A8C8XFZ1

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#6: 抗体 7D5 Fab heavy chain


分子量: 27603.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 抗体 7D5 Fab light chain


分子量: 26238.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 2種, 3分子

#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 8分子

#9: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#11: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#12: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#13: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#14: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: activated NOX2-p22 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 209359 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る