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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wdh | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target pink-beam serial synchrotron crystallography | ||||||||||||
![]() | Xylose isomerase | ||||||||||||
![]() | ISOMERASE / glucose isomerase / xylose isomerase / serial crystallography / serial synchrotron crystallography | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Nam, K.H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fixed-Target Pink-Beam Serial Synchrotron Crystallography at Pohang Light Source II. 著者: Nam, K.H. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8wdiC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42980.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.53 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: Tris, ammonium sulfate, MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8366 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→71.94 Å / Num. obs: 55523 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 161.7 % / CC1/2: 0.824 / Net I/σ(I): 4.67 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 5313 / CC1/2: 0.3688 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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