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- PDB-8wdh: Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target pink-beam ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wdh
タイトルCrystal structure of glucose isomerase by fixed-target pink-beam serial synchrotron crystallography
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / glucose isomerase / xylose isomerase / serial crystallography / serial synchrotron crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / : / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Nam, K.H.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2017M3A9F6029736 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021R1I1A1A01050838 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2020M3H1A1075314 韓国
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2023
タイトル: Fixed-Target Pink-Beam Serial Synchrotron Crystallography at Pohang Light Source II.
著者: Nam, K.H.
履歴
登録2023年9月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0303
ポリマ－42,9811
非ポリマー492
水5,134285
1
A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子

A: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,11812
ポリマ－171,9244
非ポリマー1948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation3
Buried area28530 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area51380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.138, 101.936, 105.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-765-

HOH

21A-776-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase


分子量: 42980.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces rubiginosus (バクテリア) / 参照: UniProt: P24300
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: Tris, ammonium sulfate, MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.8366 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8366 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→71.94 Å / Num. obs: 55523 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 161.7 % / CC1/2: 0.824 / Net I/σ(I): 4.67
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 5313 / CC1/2: 0.3688
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→7 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 27.76 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 1992 3.66 %
Rwork0.251 --
obs0.2582 55523 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3022 0 2 285 3309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8614218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.135430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.31811480.30223781X-RAY DIFFRACTION96
1.74-1.790.281390.30463793X-RAY DIFFRACTION96
1.79-1.840.30271480.30273745X-RAY DIFFRACTION96
1.84-1.90.33631350.31263833X-RAY DIFFRACTION97
1.9-1.960.28471390.28473775X-RAY DIFFRACTION96
1.96-2.040.33911380.27943790X-RAY DIFFRACTION96
2.04-2.130.29441450.29443820X-RAY DIFFRACTION96
2.13-2.240.31771450.29243824X-RAY DIFFRACTION96
2.24-2.380.25041370.25043803X-RAY DIFFRACTION97
2.38-2.550.29041400.26293835X-RAY DIFFRACTION96
2.55-2.790.30051450.24193824X-RAY DIFFRACTION96
2.79-3.160.26471450.23123855X-RAY DIFFRACTION96
3.16-3.870.24341430.20763881X-RAY DIFFRACTION96
3.87-70.23911450.21443972X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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