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万見
- PDB-8wdf: Chemoreceptor PilJ from Pseudomonas aeruginosa PA14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wdf
タイトルChemoreceptor PilJ from Pseudomonas aeruginosa PA14
要素Protein PilJ
キーワードHYDROLASE / Chemoreceptor PilJ-LBD
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NarX-like, N-terminal / Type IV pili methyl-accepting chemotaxis transducer N-term / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.996 Å
データ登録者Cui, R. / Li, D.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92051101 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2024
タイトル: The ligand binding domain of a type IV pilus chemoreceptor PilJ has a different fold from that of another PilJ-type receptor McpN.
著者: Cui, R. / Wang, Q.A. / Guo, L. / Li, D.F.
履歴
登録2023年9月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PilJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4771
ポリマ－31,4771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.434, 123.434, 27.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Protein PilJ


分子量: 31476.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
遺伝子: pilJ, PA0411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42257

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.44 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.2M Sodium malonate, 4% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月29日
放射モノクロメーター: Si11 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.996→35.63 Å / Num. obs: 5037 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 0.09647 / Net I/σ(I): 2.69
反射 シェル解像度: 2.996→3.103 Å / Rmerge(I) obs: 1.108 / Num. unique obs: 470

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER2.7.0位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.996→35.63 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 39.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3361 507 10.13 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs0.2681 5007 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.996→35.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 0 0 1970
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4512700
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.872739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9963-3.29770.43231170.33381090X-RAY DIFFRACTION99
3.2977-3.77450.37581240.29161107X-RAY DIFFRACTION100
3.7745-4.75430.3541290.25661122X-RAY DIFFRACTION100
4.7543-35.630.2981370.2371181X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9551-1.59892.40245.17873.46934.9138-0.054-0.49360.66090.01060.3393-0.66330.09530.2765-0.32220.7116-0.08460.07941.0426-0.07340.4418-34.80747.781117.8805
24.03592.59473.05511.62951.65560.92140.62790.73430.10370.58110.0514-0.17070.66470.3389-0.52740.5685-0.146-0.06810.9107-0.1850.6136-52.6407-7.79716.8703
34.37094.13511.91985.40994.03965.96370.8086-0.7795-2.06070.03360.0087-1.29930.5526-0.2724-0.52370.3976-0.10540.07840.5891-0.01380.6844-67.4933-22.878-0.5477
47.90492.01421.45342.68341.12662.12710.14250.2457-0.84680.10490.2211-0.53-0.0349-0.0345-0.51470.50010.01880.07070.27510.08460.4756-55.2373-11.96944.2242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 45 through 109 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 110 through 170 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 171 through 227 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 228 through 302 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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