PDB-8wd5: Crystal structure of farnesyl diphosphate synthase FPPS1 from sil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wd5

タイトル

Crystal structure of farnesyl diphosphate synthase FPPS1 from silkworm, Bombyx mori

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / mevalonate pathway / JH biosynthesis / terpenoids production / Lepidopteran FPPS

機能・相同性

機能・相同性情報

pheromone biosynthetic process / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Guo, P.C. / Fang, H.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into the Substrate Binding of Farnesyl Diphosphate Synthase FPPS1 from Silkworm, Bombyx mori.
著者: Fang, H. / Zheng, H. / Yang, Y. / Hu, Y. / Wang, Z. / Xia, Q. / Guo, P.

履歴

登録	2023年9月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wd5.cif.gz	147.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wd5.ent.gz	114.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wd5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wd5_validation.pdf.gz	955 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wd5_full_validation.pdf.gz	961.9 KB	表示
XML形式データ	8wd5_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	8wd5_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/8wd5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/8wd5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Farnesyl pyrophosphate synthase

B: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

85.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.530, 64.967, 108.378
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.425, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase 分子量: 42523.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The sequence is corresponding to the entry of BMSK0011099 in the SilkDB 3.0 (https://silkdb.bioinfotoolkits.net/main/species-info/-1) 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: BmFPS, 692433 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95P28
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.99 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2% Tacsimate pH 5.0, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 16% polyethylene glycol 3350 Temp details: 16

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→45.4 Å / Num. obs: 21918 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / R_merge(I) obs: 0.476 / Num. unique obs: 3180 / CC_1/2: 0.837 / R_pim(I) all: 0.253 / R_rim(I) all: 0.542 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→42.365 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.84 / WR_factor R_free: 0.281 / WR_factor R_work: 0.229 / Average fsc free: 0.8594 / Average fsc work: 0.8825 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.428
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2923	1026	4.685 %
R_work	0.2398	20872	-
all	0.242	-	-
obs	-	21898	99.491 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.376 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.073 Å²	-0 Å²	-2.425 Å²
2-	-	0.798 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.365 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5494	0	12	7	5513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	5634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.625	1.642	7606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.004	5	670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.82	23.243	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.445	15	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.826	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4204
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.293	0.2	3823
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.072	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.087	3.835	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.352	5.742	3360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.594	4.176	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.249	6.141	4246
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.731	52.253	8360

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.873	0.335	64	0.278	1550	X-RAY DIFFRACTION	99.9381
2.873-2.951	0.33	93	0.285	1466	X-RAY DIFFRACTION	99.8719
2.951-3.037	0.323	81	0.269	1472	X-RAY DIFFRACTION	99.7431
3.037-3.13	0.338	53	0.273	1406	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.233	0.289	72	0.275	1380	X-RAY DIFFRACTION	99.9312
3.233-3.346	0.269	55	0.258	1340	X-RAY DIFFRACTION	99.9284
3.346-3.472	0.319	78	0.225	1254	X-RAY DIFFRACTION	99.7006
3.472-3.614	0.305	70	0.231	1230	X-RAY DIFFRACTION	99.8464
3.614-3.775	0.228	65	0.224	1180	X-RAY DIFFRACTION	99.6797
3.775-3.959	0.264	48	0.222	1145	X-RAY DIFFRACTION	99.5826
3.959-4.172	0.28	28	0.227	1082	X-RAY DIFFRACTION	98.7544
4.172-4.425	0.311	37	0.206	1007	X-RAY DIFFRACTION	98.6768
4.425-4.73	0.226	33	0.203	983	X-RAY DIFFRACTION	98.6408
4.73-5.108	0.322	56	0.237	892	X-RAY DIFFRACTION	99.4753
5.108-5.595	0.373	51	0.254	806	X-RAY DIFFRACTION	99.1898
5.595-6.253	0.356	38	0.294	759	X-RAY DIFFRACTION	99.8747
6.253-7.216	0.284	28	0.249	683	X-RAY DIFFRACTION	99.5798
7.216-8.828	0.2	35	0.212	553	X-RAY DIFFRACTION	100
8.828-12.444	0.239	36	0.188	437	X-RAY DIFFRACTION	99.3697
12.444-42.365	0.424	5	0.309	247	X-RAY DIFFRACTION	90.9747

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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