PDB-8wd3: The Crystal Structure of JMJD2A(M1-L359) from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wd3

タイトル

The Crystal Structure of JMJD2A(M1-L359) from Biortus.

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Chromatin regulator Dioxygenase Oxidoreductase Transcription

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Bao, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of JMJD2A(M1-L359) from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Shang, H.

履歴

登録	2023年9月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wd3.cif.gz	377.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wd3.ent.gz	240.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wd3_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wd3_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8wd3_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	8wd3_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/8wd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/8wd3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

88.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.641, 97.111, 141.083
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A 分子量: 44326.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75164
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.35 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M KSCN, 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18057 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18057 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→48.603 Å / Num. obs: 11222 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 3.3→3.56 Å / R_merge(I) obs: 0.675 / Num. unique obs: 2264 / CC_1/2: 0.867

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→48.603 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 109.738 / SU ML: 0.776 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.709 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2928	560	5.004 %
R_work	0.2439	10630	-
all	0.246	-	-
obs	-	11190	99.608 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.393 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.332 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.986 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.346 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.603 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5482	0	4	4	5490

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	5693
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.025	1.676	7729
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.336	1.578	11761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.384	5	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.843	5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.962	10	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.679	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	5028
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	2812
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.314	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.05	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.95	5.814	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.949	5.814	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.518	10.445	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.518	10.445	3413
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.726	5.963	2958
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.725	5.964	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.898	10.874	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.898	10.874	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.771	70.071	23974
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.771	70.071	23975

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.3-3.385	0.309	40	0.367	764	0.365	804	0.88	0.888	100	0.349
3.385-3.478	0.318	35	0.352	756	0.35	792	0.892	0.894	99.8737	0.321
3.478-3.578	0.346	47	0.319	720	0.321	768	0.907	0.917	99.8698	0.298
3.578-3.688	0.348	35	0.314	717	0.316	754	0.929	0.925	99.7347	0.291
3.688-3.808	0.305	38	0.27	676	0.272	717	0.932	0.946	99.5816	0.242
3.808-3.94	0.343	32	0.266	676	0.269	710	0.892	0.95	99.7183	0.248
3.94-4.088	0.262	30	0.244	631	0.245	670	0.955	0.956	98.6567	0.229
4.088-4.254	0.205	36	0.239	622	0.237	659	0.972	0.957	99.8483	0.221
4.254-4.441	0.343	32	0.223	594	0.229	626	0.922	0.965	100	0.209
4.441-4.656	0.293	34	0.201	564	0.206	600	0.943	0.97	99.6667	0.192
4.656-4.906	0.265	32	0.214	550	0.217	582	0.952	0.968	100	0.207
4.906-5.2	0.357	36	0.194	514	0.204	556	0.915	0.976	98.9209	0.187
5.2-5.554	0.217	23	0.204	485	0.205	511	0.971	0.973	99.4129	0.196
5.554-5.993	0.304	19	0.216	464	0.22	484	0.955	0.969	99.7934	0.212
5.993-6.555	0.286	29	0.214	433	0.219	462	0.955	0.968	100	0.209
6.555-7.312	0.334	14	0.233	393	0.237	407	0.926	0.964	100	0.231
7.312-8.412	0.247	16	0.199	353	0.201	373	0.945	0.974	98.9276	0.205
8.412-10.226	0.217	14	0.2	305	0.201	321	0.98	0.979	99.3769	0.214
10.226-14.152	0.284	11	0.205	250	0.209	263	0.969	0.975	99.2395	0.219
14.152-48.603	0.353	7	0.354	163	0.354	171	0.972	0.929	99.4152	0.393

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0235	-0.5253	-0.7796	6.3918	2.3477	4.2159	0.0315	0.1869	0.1993	-0.7353	0.3422	-0.439	-0.126	-0.0172	-0.3738	0.093	-0.0435	0.009	0.0392	-0.0382	0.5061	20.889	39.001	18.466
2	3.9157	-0.1994	-0.1725	4.1847	-0.7015	1.3405	0.0874	-0.4126	-0.37	0.2955	-0.1223	-0.0025	-0.5811	0.2642	0.0349	0.2556	-0.1178	0.0239	0.0901	0.0197	0.4743	-3.936	34.371	51.794

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	9 - 355
2	X-RAY DIFFRACTION	2		B	7 - 353

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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