PDB-8wcj: Crystal structure of GB3 penta mutation L5V/K10H/T16S/K19E/Y33I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wcj

タイトル

Crystal structure of GB3 penta mutation L5V/K10H/T16S/K19E/Y33I

要素

Immunoglobulin G-binding protein G

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin G binding protein G / PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus sp. group G (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Qin, M.M. / Chen, X.X. / Zhang, X.Y. / Song, X.F. / Yao, L.S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Anal.Chem. / 年: 2024
タイトル: Protein Allostery Study in Cells Using NMR Spectroscopy.
著者: Chen, X. / Zhang, X. / Qin, M. / Chen, J. / Wang, M. / Liu, Z. / An, L. / Song, X. / Yao, L.

履歴

登録	2023年9月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wcj.cif.gz	26.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wcj.ent.gz	15.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wcj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8wcj_validation.pdf.gz	402.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8wcj_full_validation.pdf.gz	403.5 KB	表示
XML形式データ	8wcj_validation.xml.gz	5.5 KB	表示
CIF形式データ	8wcj_validation.cif.gz	6.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/8wcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/8wcj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Immunoglobulin G-binding protein G

6.15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.130, 70.130, 53.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-178- HOH
2	1	A-185- HOH

#1: 抗体	Immunoglobulin G-binding protein G 分子量: 6145.680 Da / 分子数: 1 / 変異: L446V, K451H, T457S, K460E, Y474I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア) 遺伝子: spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 60% v/v Tacsimate pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 10131 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 1.022 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.55-1.58	9.9	0.259	490	0.97	0.992	0.088	0.274	1.041	100
1.58-1.61	10.7	0.253	497	0.982	0.995	0.082	0.266	1.155	100
1.61-1.64	11.5	0.244	503	0.978	0.995	0.076	0.255	1.237	100
1.64-1.67	12.5	0.237	497	0.986	0.996	0.071	0.247	1.211	100
1.67-1.71	12.3	0.206	496	0.986	0.996	0.062	0.216	1.307	100
1.71-1.75	12.1	0.2	482	0.985	0.996	0.061	0.209	1.224	100
1.75-1.79	12.7	0.176	503	0.991	0.998	0.052	0.183	1.197	100
1.79-1.84	12.3	0.161	505	0.987	0.997	0.049	0.169	1.262	100
1.84-1.89	12	0.146	493	0.991	0.998	0.044	0.153	1.213	100
1.89-1.95	12.2	0.128	507	0.994	0.998	0.039	0.134	1.185	100
1.95-2.02	12.3	0.122	503	0.996	0.999	0.037	0.127	1.176	100
2.02-2.1	12	0.114	493	0.99	0.997	0.035	0.12	1.166	100
2.1-2.2	12.5	0.103	497	0.995	0.999	0.031	0.107	1.054	100
2.2-2.32	12.1	0.098	507	0.99	0.998	0.03	0.103	0.988	100
2.32-2.46	12.3	0.093	519	0.995	0.999	0.028	0.097	0.927	100
2.46-2.65	12.2	0.089	503	0.996	0.999	0.026	0.093	0.861	99.8
2.65-2.92	12.8	0.075	512	0.997	0.999	0.021	0.078	0.75	100
2.92-3.34	12	0.065	525	0.998	1	0.019	0.067	0.628	100
3.34-4.21	12	0.055	525	0.998	0.999	0.017	0.058	0.517	100
4.21-50	10.9	0.048	574	0.997	0.999	0.016	0.051	0.443	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→27.06 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2325	922	10 %
R_work	0.205	-	-
obs	0.2078	9218	92.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→27.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	428	0	0	85	513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	447
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.006	609
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.968	60
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	71
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	80

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.63	0.2984	91	0.2442	813	X-RAY DIFFRACTION	64
1.63-1.73	0.2548	115	0.2408	1045	X-RAY DIFFRACTION	83
1.73-1.87	0.2758	136	0.2305	1222	X-RAY DIFFRACTION	97
1.87-2.05	0.2467	142	0.1967	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.35	0.2562	143	0.2027	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.96	0.2548	144	0.2049	1300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-27.06	0.1874	151	0.1944	1358	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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