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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wbv | ||||||
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タイトル | The crystal structure of linear mannose with mutant H247F of the cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus | ||||||
要素 | Cellobiose 2-epimerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / cellobiose 2-epimerase / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / N-acylglucosamine 2-epimerase activity / sulfoquinovose isomerase activity / N-acetylmannosamine metabolic process / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process to glycerone phosphate and 3-sulfolactaldehyde / N-acetylglucosamine metabolic process / peptidase inhibitor activity / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caldicellulosiruptor saccharolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, R.J. / Feng, Y.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of linear mannose with mutant H247F of the cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus 著者: Yang, R.J. / Feng, Y.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wbv.cif.gz | 184 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wbv.ent.gz | 143.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wbv_validation.pdf.gz | 804.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8wbv_full_validation.pdf.gz | 807 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8wbv_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wbv_validation.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46623.121 Da / 分子数: 1 / 変異: H247F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor saccharolyticus (バクテリア) 株: ATCC 43494 / DSM 8903 / Tp8T 6331 / 遺伝子: Csac_0294 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4XGA6 |
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#2: 糖 | ChemComp-DNO / |
#3: 糖 | ChemComp-BMA / |
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.8M NaCl,0.1Tris-HCI pH 8.5, 32% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 28308 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.27 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 11.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 2179 / CC1/2: 0.807 / % possible all: 96.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→29.877 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.877 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 27.0411 Å / Origin y: 1.0133 Å / Origin z: -9.3553 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |