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- PDB-8wbu: The crystal structure of circular mannose with mutant H247F of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wbu
タイトルThe crystal structure of circular mannose with mutant H247F of the cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus
要素Cellobiose 2-epimerase
キーワードISOMERASE / cellobiose 2-epimerase / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellobiose epimerase / cellobiose epimerase activity / N-acylglucosamine 2-epimerase activity / sulfoquinovose isomerase activity / N-acetylmannosamine metabolic process / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process to glycerone phosphate and 3-sulfolactaldehyde / N-acetylglucosamine metabolic process / peptidase inhibitor activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase/Cellobiose 2-epimerase / N-acylglucosamine 2-epimerase (GlcNAc 2-epimerase) / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Cellobiose 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor saccharolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yang, R.J. / Feng, Y.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32072150 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of circular mannose with mutant H247F of the cellobiose 2-epimerase from Caldicellulosiruptor saccharolyticus
著者: Yang, R.J. / Feng, Y.H.
履歴
登録2023年9月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1644
ポリマ－46,6231
非ポリマー5403
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area15510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)55.540, 75.350, 91.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cellobiose 2-epimerase


分子量: 46623.121 Da / 分子数: 1 / 変異: H247F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor saccharolyticus (バクテリア)
株: ATCC 43494 / DSM 8903 / Tp8T 6331 / 遺伝子: Csac_0294 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4XGA6
#2: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.8 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 32% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 42563 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13.64
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 3127 / CC1/2: 0.678 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→34.851 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018 2123 5 %
Rwork0.1683 --
obs0.17 42502 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3289 0 36 180 3505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8294656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.562833
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.73940.30081430.25262654X-RAY DIFFRACTION99
1.7394-1.78290.2751210.22842698X-RAY DIFFRACTION100
1.7829-1.83110.25331260.22772690X-RAY DIFFRACTION100
1.8311-1.8850.21731450.21352666X-RAY DIFFRACTION99
1.885-1.94590.22021510.19492624X-RAY DIFFRACTION98
1.9459-2.01540.21471480.18012674X-RAY DIFFRACTION100
2.0154-2.09610.18811310.17272704X-RAY DIFFRACTION99
2.0961-2.19150.20991620.16562677X-RAY DIFFRACTION99
2.1915-2.3070.20311630.16782638X-RAY DIFFRACTION98
2.307-2.45150.20671470.16062660X-RAY DIFFRACTION98
2.4515-2.64070.20521280.16542745X-RAY DIFFRACTION99
2.6407-2.90630.19881440.17612704X-RAY DIFFRACTION99
2.9063-3.32660.24481210.17152695X-RAY DIFFRACTION98
3.3266-4.19010.16211410.14192740X-RAY DIFFRACTION98
4.1901-34.8510.18151520.15392810X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.2909 Å / Origin y: -0.3951 Å / Origin z: -8.164 Å
111213212223313233
T0.1577 Å20.0012 Å20.001 Å2-0.1426 Å2-0.0029 Å2--0.1533 Å2
L0.9016 °20.0656 °20.0315 °2-0.7755 °2-0.1758 °2--0.7381 °2
S0.0363 Å °0.0076 Å °0.0469 Å °-0.0039 Å °-0.0338 Å °-0.0085 Å °-0.0281 Å °0.0269 Å °-0.0015 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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