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- PDB-8wb2: Heme-bound Arabidopsis thaliana temperature-induced lipocalin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wb2
タイトルHeme-bound Arabidopsis thaliana temperature-induced lipocalin
要素Temperature-induced lipocalin-1
キーワードPLANT PROTEIN / heme / Arabidopsis thaliana / lipocalin
機能・相同性
機能・相同性情報


response to paraquat / response to freezing / positive regulation of response to salt stress / heat acclimation / seed maturation / positive regulation of response to oxidative stress / chloroplast membrane / response to high light intensity / hyperosmotic salinity response / intracellular chloride ion homeostasis ...response to paraquat / response to freezing / positive regulation of response to salt stress / heat acclimation / seed maturation / positive regulation of response to oxidative stress / chloroplast membrane / response to high light intensity / hyperosmotic salinity response / intracellular chloride ion homeostasis / nutrient reservoir activity / response to water deprivation / chloroplast envelope / plasmodesma / plant-type vacuole / intracellular sodium ion homeostasis / plastid / response to light stimulus / response to cold / lipid metabolic process / cytoplasmic side of plasma membrane / response to heat / cellular response to hypoxia / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / mitochondrion / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipocalin, bacterial / : / Lipocalin-like domain / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin family conserved site / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Temperature-induced lipocalin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dong, C. / Liu, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000444 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32201041 中国
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2023
タイトル: Crystallographic and functional studies of a plant temperature-induced lipocalin.
著者: Dong, C.S. / Zhang, W.L. / Wang, X.Y. / Wang, X. / Wang, J. / Wang, M. / Fang, Y. / Liu, L.
履歴
登録2023年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Temperature-induced lipocalin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3052
ポリマ－23,6891
非ポリマー6161
水2,504139
1
A: Temperature-induced lipocalin-1
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,83112
ポリマ－142,1326
非ポリマー3,6996
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_545y+2/3,x-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area20870 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area45680 Å2
手法PISA
2
A: Temperature-induced lipocalin-1
ヘテロ分子

A: Temperature-induced lipocalin-1
ヘテロ分子

A: Temperature-induced lipocalin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9156
ポリマ－71,0663
非ポリマー1,8493
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area8850 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area24430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.685, 75.685, 208.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-463-

HOH

21A-496-

HOH

31A-502-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Temperature-induced lipocalin-1 / AtTIL1


分子量: 23688.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TIL, At5g58070, K21L19.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FGT8
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris-HCl, PEG4000, lithium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 18556 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.9 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 42.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 1811 / CC1/2: 0.844 / Rpim(I) all: 0.374 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→27.09 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1953 940 5.09 %
Rwork0.1738 --
obs0.1749 18472 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1500 0 0 139 1639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.862148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.14571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006271
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-20.2871230.26142478X-RAY DIFFRACTION100
2-2.130.27261410.21472437X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.290.2351390.19912486X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.520.2891470.20232464X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.880.24021160.20122515X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.630.20821310.18182539X-RAY DIFFRACTION100
3.63-27.090.1511430.14672613X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.5203 Å / Origin y: -23.258 Å / Origin z: 15.8159 Å
111213212223313233
T0.3683 Å2-0.0033 Å20.0283 Å2-0.4046 Å2-0.0217 Å2--0.3546 Å2
L1.9826 °20.0462 °20.8296 °2-1.1677 °20.1916 °2--1.5654 °2
S-0.018 Å °-0.2521 Å °0.0602 Å °0.0111 Å °-0.0439 Å °0.1747 Å °-0.0721 Å °-0.2643 Å °0.0626 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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