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万見
- PDB-8wb1: Crystal Structure of small molecule KN2H covalently bound to K-Ra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wb1
タイトルCrystal Structure of small molecule KN2H covalently bound to K-Ras(G12D)
要素GTPase KRas
キーワードHYDROLASE / Covalent inhibitor / KRAS G12D
機能・相同性
機能・相同性情報


small monomeric GTPase / GTPase activity / GTP binding / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Zhou, L. / Zhang, R. / Shuai, T.B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077019 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of small molecule KN2H covalently bound to K-Ras(G12D)
著者: Zhou, L. / Zhang, R. / Shuai, T.B.
履歴
登録2023年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年10月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5595
ポリマ－19,3871
非ポリマー1,1724
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area8100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.099, 51.955, 90.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GTPase KRas / Ki-Ras


分子量: 19386.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H2Q5M0, small monomeric GTPase

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非ポリマー , 5種, 107分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-W3T / 1-[(1~{S},5~{R})-3-[7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-2-[[(2~{R},8~{S})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]ethanone


分子量: 642.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H33F3N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.06M citric acid, 0.04M bis-tris propane, pH 4.1, 16% w/v peg3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 21135 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 2.363 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 251226
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.72-1.789.30.56120480.8950.9720.1910.5930.68598.7
1.78-1.8511.20.43820640.9530.9880.1360.4590.89100
1.85-1.9412.70.33620900.9740.9930.0980.351.152100
1.94-2.0412.90.26620750.9790.9950.0770.2781.503100
2.04-2.1712.80.21720970.9860.9970.0640.2261.991100
2.17-2.3312.30.18120860.990.9970.0540.1892.586100
2.33-2.5712.70.16121060.9910.9980.0470.1682.991100
2.57-2.9412.10.13521380.9920.9980.0410.1413.357100
2.94-3.7111.90.10821550.9940.9980.0330.1134.004100
3.71-50110.0922760.9950.9990.0280.0943.98199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→25.98 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2115 1083 5.24 %
Rwork0.1924 --
obs0.1934 20679 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→25.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1347 0 88 103 1538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2041984
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.834210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008245
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.80.28991380.25582376X-RAY DIFFRACTION99
1.8-1.890.27351490.22752378X-RAY DIFFRACTION99
1.89-2.010.26861380.20082426X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.170.23851350.19932412X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.380.27251320.19832450X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.730.22591300.20922473X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.440.20461140.20332494X-RAY DIFFRACTION100
3.44-25.980.17541470.16912587X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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