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- PDB-8waf: Crystal structure of the C-terminal fragment (residues 756-982 wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8waf
タイトルCrystal structure of the C-terminal fragment (residues 756-982 with the C864S mutation) of Arabidopsis thaliana CHUP1
要素Protein CHUP1, chloroplastic
キーワードPLANT PROTEIN / Actin / Actin nucleator / Chloroplast movement / CHLOROPLAST UNUSUAL POSITIONING 1
機能・相同性Protein CHUP1-like / chloroplast relocation / chloroplast outer membrane / chloroplast / cytosol / Protein CHUP1, chloroplastic
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shimada, A. / Takano, A. / Nakamura, Y. / Kohda, D.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)KAKENHI 24687014 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)KAKENHI 25121726 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)KAKENHI 17K07309 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)KAKENHI 26119002 日本
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2024
タイトル: CHLOROPLAST UNUSUAL POSITIONING 1 is a plant-specific actin polymerization factor regulating chloroplast movement.
著者: Kong, S.G. / Yamazaki, Y. / Shimada, A. / Kijima, S.T. / Hirose, K. / Katoh, K. / Ahn, J. / Song, H.G. / Han, J.W. / Higa, T. / Takano, A. / Nakamura, Y. / Suetsugu, N. / Kohda, D. / Uyeda, T.Q.P. / Wada, M.
履歴
登録2023年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CHUP1, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4821
ポリマ－26,4821
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13680 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)123.340, 123.340, 160.784
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Protein CHUP1, chloroplastic / Protein CHLOROPLAST UNUSUAL POSITIONING 1


分子量: 26482.100 Da / 分子数: 1 / 変異: C864S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CHUP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LI74
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50mM CHES (pH 9.0), 0.2M lithium sulfate, 36% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 18407 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 41.9 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.204 / Χ2: 1.032 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 770816
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Num. unique obs: 882 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.512 / Χ2: 1.016 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→44.486 Å / FOM work R set: 0.8123 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2228 937 5.1 %
Rwork0.2023 17422 -
obs0.2033 18359 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 274.63 Å2 / Biso mean: 71.92 Å2 / Biso min: 37.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→44.486 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1815 0 0 7 1822
Biso mean---57.49 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091848
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.092488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.048691
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8003-2.94790.30621360.2756239899
2.9479-3.13260.33741420.25962429100
3.1326-3.37440.24241520.23062417100
3.3744-3.71380.24341340.19532469100
3.7138-4.25090.22021230.18212493100
4.2509-5.35420.19191200.18632546100
5.3542-44.4860.20051300.2005267099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5525-1.3853-2.26524.11090.42213.77460.03170.0544-0.3976-0.2169-0.0842-0.01740.559-0.19570.1660.4790.03440.04770.5922-0.20620.631527.42835.8823113.546
21.70620.715-0.33825.1156-0.93371.4123-0.03970.3428-0.04690.0966-0.0168-0.0319-0.2231-0.14690.06520.33680.10670.02040.61990.06150.383117.42465.0412123.6196
32.4028-0.58041.00744.5192-1.48932.34140.06220.25490.77920.9919-0.02880.683-1.4786-0.5436-0.10860.92520.23720.08150.5630.15290.802914.425486.652127.0826
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 757 through 829 )A757 - 829
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 830 through 936 )A830 - 936
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 937 through 982 )A937 - 982

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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