[日本語] English
万見
- PDB-8wac: Crystal structure of a novel agarose-binding carbohydrate binding... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wac
タイトルCrystal structure of a novel agarose-binding carbohydrate binding module of an agarase
要素Agarase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / A novel agarose-binding carbohydrate binding module
機能・相同性Porphyranase catalytic subdomain 1 / Beta-porphyranase A, C-terminal / beta porphyranase A C-terminal / Porphyranase beta-sandwich domain 1 / Secretion system C-terminal sorting domain / Secretion system C-terminal sorting domain / Glycoside hydrolase superfamily / Agarase
機能・相同性情報
生物種Wenyingzhuangia fucanilytica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mei, X.W. / Chang, Y.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U22A20542 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a novel agarose-binding carbohydrate binding module of an agarase
著者: Mei, X.W. / Chang, Y.G.
履歴
登録2023年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Agarase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2782
ポリマ－14,2371
非ポリマー401
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Agarase
ヘテロ分子

A: Agarase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5554
ポリマ－28,4752
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area940 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.661, 48.651, 67.314
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

CA

21A-467-

HOH

31A-478-

HOH

41A-492-

HOH

51A-545-

HOH

61A-550-

HOH

71A-561-

HOH

81A-573-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Agarase


分子量: 14237.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Carbohydrate binding module
由来: (組換発現) Wenyingzhuangia fucanilytica (バクテリア)
遺伝子: AXE80_01580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B1Y2R0
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.65 Å / Num. obs: 19954 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 118708
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Num. measured all: 3627 / Num. unique obs: 975 / CC1/2: 0.918 / Rpim(I) all: 0.18 / Rrim(I) all: 0.356 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I) obs: 3.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→29.28 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2047 1992 10 %
Rwork0.1684 --
obs0.1721 19919 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数927 0 1 284 1212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.793
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.538132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066156
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.28481410.23291272X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.580.26871380.20531232X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.630.25041400.19631272X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.680.2471410.21381262X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.740.22921400.19431267X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.810.24321390.18651243X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.890.20891400.17411266X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.990.18281410.17121268X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.110.19961430.16841289X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.280.19431410.16131264X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.510.22951420.17781283X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.870.2011450.1741308X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.610.21091460.15261306X-RAY DIFFRACTION100
3.62-29.280.16291550.14281395X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る