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- PDB-8w9u: Crystal structure of CspR from Bacillus subtilis complexed with SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w9u
タイトルCrystal structure of CspR from Bacillus subtilis complexed with SAH
要素Putative tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / tRNA post-transcriptional modification / CspR / tRNA 2'-O-methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


wobble position ribose methylation / tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (5-carboxymethylaminomethyluridine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Putative tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lee, Y. / Kim, J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structural and functional characterization of CspR, a 2'-O-methyltransferase acting on wobble position within tRNA
著者: Yoo, J. / Lee, Y. / Cho, G. / Lim, J. / Kim, J.
履歴
登録2023年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
B: Putative tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7869
ポリマ－43,5412
非ポリマー1,2457
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, size exclusion chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.763, 46.959, 50.090
Angle α, β, γ (deg.)110.33, 92.71, 106.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Putative tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase / tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase CspR


分子量: 21770.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: cspR, ygaR, BSU08930 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O31590, tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Potassium sodium tartrate tetrahydrate, Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: LN2 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→39.2 Å / Num. obs: 24862 / % possible obs: 90.52 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 26.19 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.1298 / Net I/σ(I): 4.56
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / Num. unique obs: 1626 / CC1/2: 0.752

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158:000)精密化
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.85→39.2 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 1279 5.15 %
Rwork0.1947 --
obs0.197 24848 90.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2336 0 78 89 2503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0483368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.813351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.920.3035900.29961728X-RAY DIFFRACTION60
1.92-2.010.30621340.24822409X-RAY DIFFRACTION83
2.01-2.120.29441470.2192758X-RAY DIFFRACTION96
2.12-2.250.22931560.19762806X-RAY DIFFRACTION96
2.25-2.420.25541410.19792797X-RAY DIFFRACTION97
2.42-2.670.2941420.19952807X-RAY DIFFRACTION97
2.67-3.050.22361430.19462807X-RAY DIFFRACTION97
3.05-3.850.23581720.1762752X-RAY DIFFRACTION96
3.85-39.20.20611540.1852705X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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