PDB-8w96: SmChiA with diacetyl chitobiose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w96

タイトル

SmChiA with diacetyl chitobiose

要素

Chitinase A

キーワード

HYDROLASE / product / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

chitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Tanaka, Y. / Nakamura, A.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2024
タイトル: Product inhibition slow down the moving velocity of processive chitinase and sliding-intermediate state blocks re-binding of product.
著者: Tanaka, Y. / Uchihashi, T. / Nakamura, A.

履歴

登録	2023年9月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w96.cif.gz	142.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w96.ent.gz	98.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w96.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w96_validation.pdf.gz	871.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w96_full_validation.pdf.gz	871.7 KB	表示
XML形式データ	8w96_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	8w96_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/8w96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/8w96	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitinase A

ヘテロ分子

62.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.900, 200.450, 59.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質

Chitinase A

分子量: 61900.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: chiA / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O83008

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 700mM sodium citrate, 10% methanol, 5% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 0.72 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.72 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→43.977 Å / Num. obs: 76535 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 29.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 9.38
反射シェル	解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 12280 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→42.63 Å / SU ML: 0.219 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 20.8807
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2045	3807	4.98 %
R_work	0.1622	72708	-
obs	0.1643	76515	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4127	0	41	449	4617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4327
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7535	5866
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0506	631
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0104	757
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.7184	1559

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.2592	131	0.2677	2593	X-RAY DIFFRACTION	96.94
2.23-2.26	0.2848	146	0.2243	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.26-2.29	0.2999	141	0.2258	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.29-2.32	0.2424	143	0.2221	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.36	0.2111	147	0.2142	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.39	0.2667	137	0.2127	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.43	0.2703	139	0.2126	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.47	0.2482	142	0.1979	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.52	0.2393	140	0.1953	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.52-2.57	0.2544	140	0.1939	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.57-2.62	0.2524	143	0.198	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.62-2.68	0.2303	147	0.1789	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.68-2.74	0.2476	134	0.1846	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.74-2.81	0.2357	144	0.1844	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.88	0.2661	138	0.1826	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.88-2.97	0.2217	145	0.1695	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.06	0.241	139	0.1736	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.17	0.2024	143	0.1694	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.3	0.1918	132	0.1534	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.45	0.1953	142	0.151	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.63	0.1784	142	0.1409	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.86	0.1487	146	0.1306	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.16	0.1696	142	0.1254	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-4.57	0.1777	142	0.12	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.57-5.23	0.1368	140	0.1263	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
5.24-6.59	0.1807	144	0.1538	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.59-42.63	0.2007	138	0.1544	2673	X-RAY DIFFRACTION	98.74

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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