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- PDB-8w91: Azumapecten Farreri homopolymeric ferritin mutant - H2KE exposed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w91
タイトルAzumapecten Farreri homopolymeric ferritin mutant - H2KE exposed to H2O2 for 3 min
要素Ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / ferrous iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Azumapecten farreri (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Zhang, T. / Jiao, R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into the Reaction between Hydrogen Peroxide and Di-iron Complexes at the Ferroxidase Center of Ferritin.
著者: Jiao, R. / Zhao, G. / Zhang, T.
履歴
登録2023年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
b: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1284
ポリマ－19,9601
非ポリマー1683
水3,351186
1
b: Ferritin
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)483,06996
ポリマ－479,04824
非ポリマー4,02172
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area93350 Å2
ΔGint-217 kcal/mol
Surface area131500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.716, 153.716, 153.716
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11b-203-

FE

21b-417-

HOH

31b-446-

HOH

41b-478-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin


分子量: 19960.330 Da / 分子数: 1 / 変異: H10K,H121E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azumapecten farreri (無脊椎動物)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A173CSP7
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM MOPS, pH 7, 500 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 1.6314 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6314 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→48.61 Å / Num. obs: 16848 / % possible obs: 94.28 % / 冗長度: 23.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.122→2.198 Å / Num. unique obs: 1176 / CC1/2: 0.669

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→48.61 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1835 1480 4.76 %
Rwork0.1575 --
obs0.1587 16848 93.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→48.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1386 0 3 186 1575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.671184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.190.3039990.26131803X-RAY DIFFRACTION63
2.19-2.270.24681080.23082191X-RAY DIFFRACTION76
2.27-2.360.2651190.20032620X-RAY DIFFRACTION91
2.36-2.470.20081790.17542831X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.60.20021250.17012895X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.760.21821320.16042878X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.970.17241290.1582888X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.270.1721660.14432859X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.740.17851470.14272869X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.720.13481390.1282890X-RAY DIFFRACTION100
4.72-100.17021370.15032897X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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