PDB-8w8z: Escherichia coli ferritin mutant-M52H

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w8z

タイトル

Escherichia coli ferritin mutant-M52H

要素

Bacterioferritin

キーワード

LYASE / IRON STORAGE

機能・相同性

機能・相同性情報

: / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Zhao, G. / Zeng, R.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Escherichia coli ferritin mutant M52H at 2.05 Angstroms resolution
著者: Zhao, G. / Zeng, R.

履歴

登録	2023年9月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w8z.cif.gz	251.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w8z.ent.gz	206.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w8z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w8z_validation.pdf.gz	478.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w8z_full_validation.pdf.gz	486.9 KB	表示
XML形式データ	8w8z_validation.xml.gz	46.8 KB	表示
CIF形式データ	8w8z_validation.cif.gz	61.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/8w8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/8w8z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bfrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

146 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

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B: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
439 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	16_444	x-1/2,-y-1/2,-z-1/2	1
crystal symmetry operation	18_554	z+1/2,-x+1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	23_545	y+1/2,-z-1/2,-x+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	224.990, 224.990, 224.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	Bacterioferritin 分子量: 18280.727 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bfr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023L7J3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 1.0 M NaCl, 5% PEG400, 100 mM HEPES/NaOH pH 7.5, and 20% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→37.5 Å / Num. obs: 230390 / % possible obs: 99.04 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.945 / Net I/σ(I): 34.03
反射シェル	解像度: 2.05→2.05 Å / Num. unique obs: 14354 / CC_1/2: 0.702

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BFR

1bfr

解像度: 2.05→37.5 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2515	3909	1.7 %
R_work	0.2189	-	-
obs	0.2194	230390	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→37.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10264	0	0	57	10321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10424
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.045	14040
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.906	1352
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1544
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1824

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.08	0.3618	136	0.3482	7926	X-RAY DIFFRACTION	98
2.08-2.1	0.3284	138	0.3319	8040	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1-2.13	0.3197	144	0.3219	8059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.3682	144	0.3155	8129	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.19	0.3534	137	0.3007	8161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.22	0.3122	138	0.3017	7991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.26	0.3108	146	0.2937	8155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.29	0.3232	138	0.2766	8061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.33	0.2966	142	0.2708	8085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.38	0.3067	141	0.2736	8124	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.42	0.2736	136	0.2666	8050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.47	0.2761	144	0.2512	8085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.52	0.3212	140	0.2656	8145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.58	0.2667	136	0.2604	8033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.2784	146	0.2501	8140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.72	0.3515	138	0.2454	8100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.8	0.2824	132	0.2458	8127	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.89	0.2267	148	0.2317	8085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-2.99	0.2739	140	0.2447	8107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.11	0.2704	136	0.2395	8051	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.25	0.2552	139	0.2369	8120	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.42	0.2578	136	0.2151	8112	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.64	0.2287	148	0.1948	8064	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.92	0.2588	136	0.1843	8143	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.31	0.1736	140	0.1575	8079	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-4.94	0.1632	140	0.1528	8100	X-RAY DIFFRACTION	100
4.94-6.21	0.238	138	0.193	8113	X-RAY DIFFRACTION	100
6.22-37.5	0.194	132	0.153	8096	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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