PDB-8w8h: 2-Ketoglutarate-Dependent Dioxygenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w8h

タイトル

2-Ketoglutarate-Dependent Dioxygenase

要素

2OG-Fe dioxygenase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Tetramer / Metalloenzyme / Hydroxylation activity

機能・相同性

ISOLEUCINE / :

機能・相同性情報

生物種

Bacillus licheniformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Zheng, C.N. / Wei, W.Q.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: a Fe(2)/2-KG dioxygenases from Bacillus licheniformis
著者: Zheng, C.N. / Wei, W.Q.

履歴

登録	2023年9月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w8h.cif.gz	198 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w8h.ent.gz	157 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/8w8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/8w8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2OG-Fe dioxygenase family protein

B: 2OG-Fe dioxygenase family protein

C: 2OG-Fe dioxygenase family protein

D: 2OG-Fe dioxygenase family protein

ヘテロ分子

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.145, 129.628, 153.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3
4	4
5	5
6	6

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	2OG-Fe dioxygenase family protein 分子量: 29672.068 Da / 分子数: 4 / 変異: S18A, Q164K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus licheniformis (バクテリア) 遺伝子: CJ481_05930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3A5I123
#2: 化合物	ChemComp-ILE / ISOLEUCINE / イソロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 17 mg/mL enzyme was incubated with 9.2 mM L-Ile and grew at 1 M sodium citrate for 15 days

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→23.65 Å / Num. obs: 15586 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.227 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 3.2→3.46 Å / R_merge(I) obs: 0.606 / Num. unique obs: 3153

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→23.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.877 / SU B: 32.162 / SU ML: 0.518 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.626 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26674	826	5.3 %	RANDOM
R_work	0.21585	-	-	-
obs	0.21863	14714	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.796 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.66 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.55 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.2→23.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7536	0	72	0	7608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	7786
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.158	1.95	10565
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.702	3	16527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.356	5	935
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.314	24.444	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.042	15	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.121	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	8890
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.234	5.372	3776
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.234	5.372	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.893	8.058	4699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.892	8.058	4700
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.867	5.503	4010
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.866	5.504	4010
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.324	8.18	5867
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.204	61.912	8314
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.204	61.913	8315
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7498	0.07
1	2	B	7498	0.07
2	1	A	7399	0.08
2	2	C	7399	0.08
3	1	A	7495	0.07
3	2	D	7495	0.07
4	1	B	7506	0.07
4	2	C	7506	0.07
5	1	B	7544	0.07
5	2	D	7544	0.07
6	1	C	7463	0.08
6	2	D	7463	0.08

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	56	-
R_work	0.312	1068	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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