PDB-8w7y: Crystal structure of GcCGT in complex with UDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w7y

タイトル

Crystal structure of GcCGT in complex with UDP

要素

GcCGT

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferases

機能・相同性

URIDINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Gentiana crassicaulis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Zhang, M. / Bao, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of GcCGT
著者: Zhang, M. / Bao, Y.

履歴

登録	2023年8月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w7y.cif.gz	200.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w7y.ent.gz	158.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w7y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w7y_validation.pdf.gz	777.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w7y_full_validation.pdf.gz	778.7 KB	表示
XML形式データ	8w7y_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	8w7y_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/8w7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/8w7y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ie4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GcCGT

ヘテロ分子

54.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GcCGT

ヘテロ分子

A: GcCGT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.743, 63.743, 231.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	GcCGT 分子量: 54202.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UDP / 由来: (組換発現) Gentiana crassicaulis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.2 M Sodium malonate, pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→57.95 Å / Num. obs: 21244 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.143 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.15 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 212061
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 1.435 / Num. measured all: 24224 / Num. unique obs: 2276 / CC_1/2: 0.707 / R_pim(I) all: 0.458 / R_rim(I) all: 1.508 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→55.2 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2444	1034	4.88 %
R_work	0.1905	-	-
obs	0.1931	21179	94.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→55.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3724	0	25	86	3835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.606	5232
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.34	1407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	578
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	674

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.53	0.3529	150	0.2836	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.63	0.3049	109	0.2543	2035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.89	0.3132	160	0.2567	2836	X-RAY DIFFRACTION	99
2.89-3.18	0.271	148	0.2335	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.64	0.2607	169	0.1952	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-4.59	0.2014	137	0.1519	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
4.59-55.2	0.2081	161	0.161	3232	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6946	-0.1195	-0.0319	2.0291	0.5283	0.8978	0.081	-0.0791	-0.0115	0.3446	-0.0616	-0.2847	0.0062	0.1676	-0.0393	0.4277	-0.1384	-0.0693	0.3644	0.0282	0.3908	21.1887	-10.1301	-14.1959
2	1.0597	0.7188	0.7494	1.4962	0.8497	1.6733	0.0907	-0.0509	-0.1122	0.1706	-0.113	0.0804	0.1101	-0.2894	0.0294	0.3456	-0.1091	0.0071	0.3327	0.0232	0.3613	2.1038	-22.1208	-19.8348
3	2.2549	-0.529	-1.659	2.1022	0.0213	1.4655	0.0493	0.2394	-0.0754	-0.1514	0.1325	0.0649	0.3772	-0.2372	-0.1903	0.4676	-0.1421	-0.0612	0.2855	-0.0048	0.3814	9.1934	3.5125	-12.8848
4	4.8485	-1.9733	-5.5208	0.8389	2.2641	6.3007	0.405	0.445	0.0216	-0.1612	-0.4364	-0.024	-0.5943	-0.8285	-0.0023	0.5169	-0.0754	-0.0277	0.5237	0.0394	0.3874	9.1224	6.4887	-24.0372

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 91 through 257 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 258 through 480 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1 through 55 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 90 )

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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