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- PDB-8w73: Fe-O nanocluster of form-I in the 4-fold channel of Ureaplasma di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w73
タイトルFe-O nanocluster of form-I in the 4-fold channel of Ureaplasma diversum ferritin
要素Ferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ferritin / Iron / Fe-O cluster / 4-fold channel cavity
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Ureaplasma diversum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Wang, W.M. / Xi, H.F. / Gong, W.J. / Ma, D.Y. / Wang, H.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)62075118, 21601112 中国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2024
タイトル: Growth Process of Fe-O Nanoclusters with Different Sizes Biosynthesized by Protein Nanocages.
著者: Wenming Wang / Hongfang Xi / Dan Fu / Danyang Ma / Wenjun Gong / Yaqin Zhao / Xiaomei Li / Lijie Wu / Yu Guo / Guanghua Zhao / Hongfei Wang /
要旨: All protein-directed syntheses of metal nanoclusters (NCs) and nanoparticles (NPs) have attracted considerable attention because protein scaffolds provide a unique metal coordination environment and ...All protein-directed syntheses of metal nanoclusters (NCs) and nanoparticles (NPs) have attracted considerable attention because protein scaffolds provide a unique metal coordination environment and can adjust the shape and morphology of NCs and NPs. However, the detailed formation mechanisms of NCs or NPs directed by protein templates remain unclear. In this study, by taking advantage of the ferritin nanocage as a biotemplate to monitor the growth of Fe-O NCs as a function of time, we synthesized a series of iron NCs with different sizes and shapes and subsequently solved their corresponding three-dimensional atomic-scale structures by X-ray protein crystallography and cryo-electron microscopy. The time-dependent structure analyses revealed the growth process of these Fe-O NCs with the 4-fold channel of ferritin as nucleation sites. To our knowledge, the newly biosynthesized FeOGlu represents the largest Fe-O NCs with a definite atomic structure. This study contributes to our understanding of the formation mechanism of iron NCs and provides an effective method for metal NC synthesis.
履歴
登録2023年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,83213
ポリマ－21,2551
非ポリマー57712
水1,74797
1
A: Ferritin
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)523,978312
ポリマ－510,12024
非ポリマー13,858288
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation17_556x,z,-y+11
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
crystal symmetry operation19_666-x+1,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation20_565x,-z+1,y1
crystal symmetry operation21_556z,y,-x+11
crystal symmetry operation22_565z,-y+1,x1
crystal symmetry operation23_655-z+1,y,x1
crystal symmetry operation24_666-z+1,-y+1,-x+11
Buried area85150 Å2
ΔGint-1005 kcal/mol
Surface area147380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.328, 180.328, 180.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

FE

21A-206-

FE

31A-377-

HOH

41A-378-

HOH

51A-396-

HOH

61A-397-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin


分子量: 21254.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_081847832.1
由来: (組換発現) Ureaplasma diversum (バクテリア)
遺伝子: UDIV_5880 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bicine, MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1.55 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.55 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 14585 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 70.3 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.295 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.297 / Χ2: 0.598 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.6-2.6456.21.8593800.8990.9730.2481.8760.418
2.64-2.6964.81.8253970.910.9760.2271.8390.423
2.69-2.74721.7063920.9670.9910.2011.7180.429
2.74-2.873.91.5253970.9370.9840.1781.5360.433
2.8-2.8673.31.2763990.9630.9910.1491.2840.438
2.86-2.9372.71.0114000.9740.9930.1191.0180.461
2.93-369.21.0443980.9610.990.1261.0510.459
3-3.0873.40.8673940.9770.9940.1010.8730.485
3.08-3.1774.80.6544070.9870.9970.0760.6590.514
3.17-3.2871.30.5594090.990.9970.0660.5630.55
3.28-3.3973.20.4793950.9910.9980.0560.4830.581
3.39-3.5376.70.3924090.9950.9990.0450.3950.618
3.53-3.6975.40.2954010.9940.9990.0340.2970.719
3.69-3.8874.40.2664080.9970.9990.0310.2680.717
3.88-4.1368.90.2084150.99810.0250.2090.793
4.13-4.4572.40.1734140.99810.020.1740.902
4.45-4.8968.70.1484250.99810.0180.1490.896
4.89-5.672.30.1484240.9980.9990.0170.1490.754
5.6-7.0568.10.1354410.99910.0160.1360.636
7.05-5056.80.07493110.0090.070.638

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.601→45.082 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2362 1467 10.06 %
Rwork0.1802 --
obs0.1857 14585 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→45.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1334 0 12 97 1443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0841867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1811159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.601-2.69360.31211440.23111315X-RAY DIFFRACTION100
2.6936-2.80140.2791440.22231286X-RAY DIFFRACTION100
2.8014-2.92890.31761490.20851314X-RAY DIFFRACTION100
2.9289-3.08330.32791460.2091295X-RAY DIFFRACTION100
3.0833-3.27640.23151390.18671344X-RAY DIFFRACTION100
3.2764-3.52930.24481500.1791310X-RAY DIFFRACTION100
3.5293-3.88430.22951460.16311304X-RAY DIFFRACTION100
3.8843-4.44590.20921510.15141305X-RAY DIFFRACTION100
4.4459-5.59970.22561470.16521319X-RAY DIFFRACTION100
5.5997-45.0820.19481510.18611326X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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