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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w6y | ||||||
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タイトル | Ferritin from Ureaplasma diversum soaking in Fe2+ solution for 10 min | ||||||
![]() | Ferritin | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Ferritin / Iron / Fe-O cluster / 4-fold channel cavity | ||||||
機能・相同性 | : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, W.M. / Xi, H.F. / Gong, W.J. / Ma, D.Y. / Wang, H.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Growth Process of Fe-O Nanoclusters with Different Sizes Biosynthesized by Protein Nanocages. 著者: Wenming Wang / Hongfang Xi / Dan Fu / Danyang Ma / Wenjun Gong / Yaqin Zhao / Xiaomei Li / Lijie Wu / Yu Guo / Guanghua Zhao / Hongfei Wang / ![]() 要旨: All protein-directed syntheses of metal nanoclusters (NCs) and nanoparticles (NPs) have attracted considerable attention because protein scaffolds provide a unique metal coordination environment and ...All protein-directed syntheses of metal nanoclusters (NCs) and nanoparticles (NPs) have attracted considerable attention because protein scaffolds provide a unique metal coordination environment and can adjust the shape and morphology of NCs and NPs. However, the detailed formation mechanisms of NCs or NPs directed by protein templates remain unclear. In this study, by taking advantage of the ferritin nanocage as a biotemplate to monitor the growth of Fe-O NCs as a function of time, we synthesized a series of iron NCs with different sizes and shapes and subsequently solved their corresponding three-dimensional atomic-scale structures by X-ray protein crystallography and cryo-electron microscopy. The time-dependent structure analyses revealed the growth process of these Fe-O NCs with the 4-fold channel of ferritin as nucleation sites. To our knowledge, the newly biosynthesized FeOGlu represents the largest Fe-O NCs with a definite atomic structure. This study contributes to our understanding of the formation mechanism of iron NCs and provides an effective method for metal NC synthesis. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8w6mC ![]() 8w6qC ![]() 8w6sC ![]() 8w6uC ![]() 8w73C ![]() 8w74C ![]() 8w79C ![]() 8w7bC ![]() 8w7oC ![]() 8w7qC ![]() 8w7tC ![]() 8w7uC ![]() 8w7vC ![]() 8wptC ![]() 8wpvC ![]() 8wquC ![]() 8wqvC ![]() 8wqxC ![]() 8wqyC ![]() 8wr0C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
| x 24|||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21254.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_081847832.1 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: UDIV_5880 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bicine, MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月29日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.55 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 16425 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 68.7 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.257 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.259 / Χ2: 0.627 / Net I/σ(I): 2.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.502→31.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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