PDB-8w6x: Neutron structure of [NiFe]-hydrogenase from D. vulgaris Miyazaki...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w6x

タイトル

Neutron structure of [NiFe]-hydrogenase from D. vulgaris Miyazaki F in its oxidized state

要素

(Periplasmic [NiFe] hydrogenase ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / NiFe complex / FeS cluster / Oxidized state

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' (バクテリア)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.04 Å

データ登録者

Hiromoto, T. / Tamada, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: New insights into the oxidation process from neutron and X-ray crystal structures of an O 2 -sensitive [NiFe]-hydrogenase.
著者: Hiromoto, T. / Nishikawa, K. / Inoue, S. / Ogata, H. / Hori, Y. / Kusaka, K. / Hirano, Y. / Kurihara, K. / Shigeta, Y. / Tamada, T. / Higuchi, Y.

履歴

登録	2023年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2023年9月13日	ID: 7YW6
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w6x.cif.gz	579 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w6x.ent.gz	486.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w6x_validation.pdf.gz	494.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w6x_full_validation.pdf.gz	495.7 KB	表示
XML形式データ	8w6x_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	8w6x_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/8w6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/8w6x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4u9hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (19) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (19)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (3)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

L: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit

S: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit

ヘテロ分子

90.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.705, 98.485, 126.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Periplasmic [NiFe] hydrogenase ... , 2種, 2分子 LS

#1: タンパク質	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit / NiFe hydrogenlyase large chain 分子量: 59123.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' (バクテリア) 参照: UniProt: P21852, cytochrome-c3 hydrogenase
#2: タンパク質	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit / NiFe hydrogenlyase small chain 分子量: 28676.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' (バクテリア) 参照: UniProt: P21853, cytochrome-c3 hydrogenase

-
非ポリマー , 8種, 858分子

#3: 化合物	ChemComp-NFU / formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) / NI-FE REDUCED ACTIVE CENTER 分子量: 195.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃HFeN₂NiO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#9: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 842 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30%(v/v) 2-methyl-2,4-pentane-d12-diol, 10 mM glucose-d12, 25 mM Tris-d11-DCl in D2O

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL26B1		1	0.8
SPALLATION SOURCE	JPARC MLF	BL-03	J-PARC MLF BEAMLINE BL-03	2	1.8-5.8

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RAYONIX MX225HE	1	CCD	2015年4月10日
iBIX	2	DIFFRACTOMETER	2015年3月21日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.8	1
2	1.8	1
3	5.8	1

反射

Entry-ID: 8W6X

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_rim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.04-50	397623	99.9	8.5	1	0.059	0.062	1	19.7
2.2-20	38335	90.1	2.6	0.92	0.22	0.266	2	4.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID	% possible all
1.04-1.07	7.2	0.461	4.1	29097	0.924	0.496	1	99.6
2.2-2.32	2.8	0.394	2.3	5756	0.57	0.473	2	93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472)	精密化
STARGazer		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 16.26 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 4U9H

4u9h

/ 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	Diffraction-ID	σ(F)
1.04-41.69	X-RAY DIFFRACTION	0.1474	0.1428	0.143	19868	397425	5	99.78	1	1.34
2.2-17.94	NEUTRON DIFFRACTION	0.2202	0.1893	0.1909	1893	38312	4.94	88.91	2	0

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.04→41.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6188	0	106	842	7136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	16618
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.213	28273
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.819	4252
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	1054
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3027
NEUTRON DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	16618
NEUTRON DIFFRACTION	f_angle_d	1.213	28273
NEUTRON DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.819	4252
NEUTRON DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	1054
NEUTRON DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3027

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.04-1.05	0.269	638	0.2515	12129	X-RAY DIFFRACTION	97
1.0514-1.0638	0.2518	658	0.2392	12486	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0638-1.0768	0.2237	657	0.2328	12481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0768-1.0904	0.24	657	0.2177	12483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0904-1.1047	0.2264	657	0.2101	12499	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1047-1.1199	0.2198	658	0.2041	12488	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1199-1.1359	0.2023	657	0.1981	12496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1359-1.1528	0.2189	659	0.1995	12521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1528-1.1708	0.1992	658	0.1942	12504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1708-1.19	0.1898	661	0.189	12549	X-RAY DIFFRACTION	100
1.19-1.2106	0.1933	657	0.1907	12504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2106-1.2326	0.201	659	0.1878	12536	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2326-1.2563	0.1822	661	0.1833	12549	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2563-1.2819	0.1904	660	0.1791	12547	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2819-1.3098	0.1953	659	0.1757	12532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3098-1.3403	0.1743	659	0.172	12558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3403-1.3738	0.1753	660	0.1716	12527	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3738-1.4109	0.1717	660	0.165	12577	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4109-1.4525	0.1639	663	0.159	12578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4525-1.4994	0.1676	662	0.1514	12592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4994-1.5529	0.153	663	0.1429	12600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5529-1.6151	0.1489	663	0.1396	12592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6151-1.6886	0.138	665	0.1356	12628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6886-1.7777	0.1301	665	0.131	12629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7777-1.889	0.1333	668	0.127	12695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.889-2.0349	0.129	666	0.1257	12656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0349-2.2397	0.1239	672	0.1143	12745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2397-2.5637	0.1104	672	0.1073	12772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5637-3.2298	0.1084	676	0.1097	12843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-41.69	0.133	698	0.133	13261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.25	0.2928	133	0.2488	2560	NEUTRON DIFFRACTION	89
2.2547-2.3155	0.3132	142	0.248	2701	NEUTRON DIFFRACTION	93
2.3155-2.3835	0.252	137	0.2224	2690	NEUTRON DIFFRACTION	92
2.3835-2.4602	0.263	138	0.2161	2654	NEUTRON DIFFRACTION	93
2.4602-2.5479	0.2689	143	0.2165	2697	NEUTRON DIFFRACTION	93
2.5479-2.6496	0.2712	141	0.2126	2702	NEUTRON DIFFRACTION	94
2.6496-2.7698	0.2204	143	0.2041	2656	NEUTRON DIFFRACTION	91
2.7698-2.9153	0.2193	136	0.1887	2634	NEUTRON DIFFRACTION	91
2.9153-3.097	0.2112	131	0.1724	2574	NEUTRON DIFFRACTION	89
3.097-3.3348	0.1894	129	0.1588	2611	NEUTRON DIFFRACTION	89
3.3348-3.6678	0.1627	138	0.1427	2680	NEUTRON DIFFRACTION	92
3.6678-4.1926	0.1538	134	0.1335	2594	NEUTRON DIFFRACTION	88
4.1926-5.26	0.1542	135	0.1531	2458	NEUTRON DIFFRACTION	83
5.26-17.94	0.2278	113	0.2139	2208	NEUTRON DIFFRACTION	71

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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