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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w5z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tick tyrosylprotein sulfotransferase reveals the activation mechanism of tick anticoagulant protein madanin | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / sulfotransferase / sulfation | ||||||
機能・相同性 | protein-tyrosine sulfotransferase / protein-tyrosine sulfotransferase activity / Protein-tyrosine sulfotransferase / Sulfotransferase family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Protein-tyrosine sulfotransferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ixodes (ダニ) longicornis species complex (ハエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Yoshimura, M. / Teramoto, T. / Nishimoto, E. / Kakuta, Y. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024 タイトル: Crystal structure of tick tyrosylprotein sulfotransferase reveals the activation mechanism of the tick anticoagulant protein madanin. 著者: Yoshimura, M. / Teramoto, T. / Asano, H. / Iwamoto, Y. / Kondo, M. / Nishimoto, E. / Kakuta, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8w5z.cif.gz | 174.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8w5z.ent.gz | 136.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8w5z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8w5z_validation.pdf.gz | 3.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8w5z_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8w5z_validation.xml.gz | 33.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8w5z_validation.cif.gz | 49.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/8w5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/8w5z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 44801.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ixodes (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A147BHN3 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1320.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) longicornis species complex (ハエ) |
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-非ポリマー , 5種, 498分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-1PS / #5: 化合物 | ChemComp-TRS / #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris HCl [pH 8.0, 0.1 M magnesium chloride, 15% v/v PEG 400, 16% w/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→105.5 Å / Num. obs: 150031 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.43 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.65 Å / 冗長度: 8.6 % / Num. unique obs: 15003 / CC1/2: 0.529 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→47.68 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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