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万見
- PDB-8w52: p17 protein structure of HIV2 when OLA1 existing -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w52
タイトルp17 protein structure of HIV2 when OLA1 existing
要素Gag polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV2 / Matrix / p17 / Gag
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunodeficiency lentiviruses, gag gene matrix protein p17 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein ...Immunodeficiency lentiviruses, gag gene matrix protein p17 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / DNA polymerase; domain 1 / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus type 2 subtype A
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Dang, L.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: p17 protein structure of HIV2 when OLA1 existing
著者: Dang, L.L.
履歴
登録2023年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag polyprotein
B: Gag polyprotein
C: Gag polyprotein
D: Gag polyprotein
E: Gag polyprotein
F: Gag polyprotein
G: Gag polyprotein
H: Gag polyprotein
I: Gag polyprotein
J: Gag polyprotein
K: Gag polyprotein
L: Gag polyprotein
M: Gag polyprotein
N: Gag polyprotein
O: Gag polyprotein
P: Gag polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,19436
ポリマ－241,27216
非ポリマー1,92120
水6,053336
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.780, 123.780, 108.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Space group name HallP2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11M-213-

HOH

21O-212-

HOH

31P-310-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Gag polyprotein / Pr55Gag


分子量: 15079.520 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 2 subtype A (isolate BEN) (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P18095
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2M (NH4)2SO4 0.1M BISTris pH=5.5 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→46.19 Å / Num. obs: 67420 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08144 / Net I/σ(I): 19.85
反射 シェル解像度: 2.381→2.466 Å / Num. unique obs: 85812 / CC1/2: 0.974

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→46.19 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 108.15 / 位相誤差: 32.7313
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 3373 5 %
Rwork0.2101 64047 -
obs0.2245 67420 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→46.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13667 0 100 336 14103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002413938
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.526718687
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03582117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00452321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.29345425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.420.36061600.31863049X-RAY DIFFRACTION91.62
2.42-2.470.34441650.31613142X-RAY DIFFRACTION95.01
2.47-2.510.34271680.31263183X-RAY DIFFRACTION94.99
2.51-2.560.33351660.30143161X-RAY DIFFRACTION95.01
2.57-2.620.34341650.29353139X-RAY DIFFRACTION95.01
2.62-2.680.36221690.2893200X-RAY DIFFRACTION94.98
2.68-2.750.34361690.29613218X-RAY DIFFRACTION95.01
2.75-2.820.28641660.27353139X-RAY DIFFRACTION94.98
2.82-2.910.31041670.2743177X-RAY DIFFRACTION95.01
2.91-30.29271670.26453186X-RAY DIFFRACTION95.02
3-3.110.29171700.25083229X-RAY DIFFRACTION95
3.11-3.230.28571670.23843174X-RAY DIFFRACTION94.94
3.23-3.380.26841690.21673207X-RAY DIFFRACTION94.99
3.38-3.560.2521680.2083198X-RAY DIFFRACTION95.01
3.56-3.780.23871680.18363177X-RAY DIFFRACTION94.98
3.78-4.070.21551710.17653252X-RAY DIFFRACTION95
4.07-4.480.20171700.16713225X-RAY DIFFRACTION94.94
4.48-5.130.21721710.16443265X-RAY DIFFRACTION95.02
5.13-6.460.23731740.2313291X-RAY DIFFRACTION94.98
6.46-46.190.21271810.20593437X-RAY DIFFRACTION94.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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