PDB-8w45: X-ray crystal structure of V30M-TTR in complex with pinostilbene

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w45

タイトル

X-ray crystal structure of V30M-TTR in complex with pinostilbene

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Amyloidogenesis / thyroid hormone inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Yokoyama, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Resveratrol Derivatives Inhibit Transthyretin Fibrillization: Structural Insights into the Interactions between Resveratrol Derivatives and Transthyretin.
著者: Yokoyama, T. / Kusaka, K. / Mizuguchi, M. / Nabeshima, Y. / Fujiwara, S.

履歴

登録	2023年8月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w45.cif.gz	177.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w45.ent.gz	136.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w45_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w45_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8w45_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	8w45_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w42C 8w43C 8w44C 8w46C 8w47C 8w48C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

35.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: cross-linking
70.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.401, 84.371, 63.229
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- 8KZ
2	1	A-201- 8KZ
3	1	A-201- 8KZ
4	1	A-201- 8KZ
5	1	B-202- 8KZ
6	1	B-202- 8KZ
7	1	B-202- 8KZ
8	1	B-202- 8KZ

#1: タンパク質	Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA 分子量: 17342.582 Da / 分子数: 2 / 変異: V30M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-8KZ / 3-[(E)-2-(4-hydroxyphenyl)ethenyl]-5-methoxy-phenol / Pinostilbene / ピノスチルベン分子量: 242.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Disodium malonate, 0.1M NaOAc pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→35.09 Å / Num. obs: 91660 / % possible obs: 96.62 % / 冗長度: 6.81 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 1.1→1.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 7218 / CC_1/2: 0.846 / R_pim(I) all: 0.255 / R_rim(I) all: 0.554

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.1→31.614 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1646	4582	5 %
R_work	0.1434	-	-
obs	0.1445	91654	96.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→31.614 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1786	0	38	222	2046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1918
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892	2616
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.871	678
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	286
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	332

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1001-1.1126	0.2672	108	0.2126	2059	X-RAY DIFFRACTION	69
1.1126-1.1257	0.2576	120	0.1999	2289	X-RAY DIFFRACTION	78
1.1257-1.1394	0.2064	132	0.1948	2510	X-RAY DIFFRACTION	84
1.1394-1.1538	0.1885	144	0.1742	2722	X-RAY DIFFRACTION	92
1.1538-1.169	0.2013	150	0.1512	2852	X-RAY DIFFRACTION	96
1.169-1.185	0.1751	152	0.1432	2884	X-RAY DIFFRACTION	97
1.185-1.2019	0.154	153	0.1322	2904	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2019-1.2199	0.1724	153	0.1356	2909	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2199-1.2389	0.1675	155	0.1303	2943	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2389-1.2593	0.1445	152	0.1233	2905	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2593-1.281	0.1392	156	0.1178	2962	X-RAY DIFFRACTION	99
1.281-1.3043	0.1515	154	0.12	2910	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3043-1.3294	0.1425	155	0.1241	2949	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3294-1.3565	0.1534	156	0.1236	2969	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3565-1.386	0.1348	154	0.1179	2929	X-RAY DIFFRACTION	99
1.386-1.4182	0.1493	157	0.118	2984	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4182-1.4537	0.1412	156	0.1171	2969	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4537-1.493	0.1539	158	0.1212	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
1.493-1.5369	0.1246	157	0.1155	2987	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5369-1.5865	0.1392	156	0.1206	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5865-1.6432	0.1305	157	0.1222	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6432-1.709	0.147	159	0.1316	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
1.709-1.7868	0.1352	158	0.1351	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7868-1.881	0.1606	157	0.13	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
1.881-1.9988	0.141	159	0.1306	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9988-2.1531	0.1488	160	0.1268	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1531-2.3697	0.1516	160	0.1353	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3697-2.7125	0.1553	163	0.1557	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7125-3.4168	0.1695	161	0.1587	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4168-31.614	0.2054	170	0.1628	3231	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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