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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w3x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of IRAK4 in complex with compound 6 | ||||||
![]() | Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / INTERLEUKIN-1 RECEPTOR-ASSOCIATED KINASE 4 | ||||||
機能・相同性 | ![]() IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / PIP3 activates AKT signaling / kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / endosome membrane / intracellular signal transduction / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / cell surface / magnesium ion binding / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Han, S. / Knafels, J.D. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: In Retrospect: Root-Cause Analysis of Structure-Activity Relationships in IRAK4 Inhibitor Zimlovisertib (PF-06650833). 著者: Wright, S.W. / Farley, K.A. / Han, S. / Knafels, J.D. / Lee, K.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 481.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 50.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8w3wC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36584.020 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 154-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-A1AFH / 分子量: 329.350 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: AMMONIUM CITRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.765→48.94 Å / Num. obs: 127742 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.765→1.8 Å / Num. unique obs: 4207 / CC1/2: 0.591 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.62 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.765→48.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.765→1.79 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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