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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w3w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of IRAK4 in complex with compound 4 | ||||||
要素 | Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / PIP3 activates AKT signaling / kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to lipopolysaccharide / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / innate immune response / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / cell surface / extracellular space / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.976 Å | ||||||
データ登録者 | Han, S. / Knafels, J.D. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2024 タイトル: In Retrospect: Root-Cause Analysis of Structure-Activity Relationships in IRAK4 Inhibitor Zimlovisertib (PF-06650833). 著者: Wright, S.W. / Farley, K.A. / Han, S. / Knafels, J.D. / Lee, K.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8w3w.cif.gz | 483.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8w3w.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8w3w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/8w3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/8w3w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8w3xC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36584.020 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 154-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-A1AFO / 分子量: 315.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: ammonium citrate tribasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.976→47.09 Å / Num. obs: 93889 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.976→2.01 Å / Num. unique obs: 3963 / CC1/2: 0.508 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.976→47.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.138 詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.41 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.976→47.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→1.99 Å / Total num. of bins used: 51
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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