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- PDB-8w3w: Crystal structure of IRAK4 in complex with compound 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w3w
タイトルCrystal structure of IRAK4 in complex with compound 4
要素Interleukin-1 receptor-associated kinase 4IRAK4
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
機能・相同性
機能・相同性情報


IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / Toll様受容体 / extrinsic component of plasma membrane / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-1 signaling / PIP3 activates AKT signaling / kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to lipopolysaccharide / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / リン酸化 / protein serine kinase activity / 自然免疫系 / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / 細胞膜 / extracellular space / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4, Death domain / Death-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.976 Å
データ登録者Han, S. / Knafels, J.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: In Retrospect: Root-Cause Analysis of Structure-Activity Relationships in IRAK4 Inhibitor Zimlovisertib (PF-06650833).
著者: Wright, S.W. / Farley, K.A. / Han, S. / Knafels, J.D. / Lee, K.L.
履歴
登録2024年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,5978
ポリマ－146,3364
非ポリマー1,2614
水10,737596
1
A: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 36.9 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8992
ポリマ－36,5841
非ポリマー3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 36.9 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8992
ポリマ－36,5841
非ポリマー3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 36.9 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8992
ポリマ－36,5841
非ポリマー3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 36.9 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8992
ポリマ－36,5841
非ポリマー3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.720, 139.260, 88.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64


分子量: 36584.020 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 154-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-A1AFO / 7-methoxy-1-{[(2S)-5-oxopyrrolidin-2-yl]methoxy}isoquinoline-6-carboxamide


分子量: 315.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: ammonium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.976→47.09 Å / Num. obs: 93889 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.976→2.01 Å / Num. unique obs: 3963 / CC1/2: 0.508

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (22-FEB-2023)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.976→47.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.138
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2126 4785 5.1 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
obs0.1932 93889 95.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1535 Å20 Å2-1.3725 Å2
2---0.4026 Å20 Å2
3---0.5561 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.976→47.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9054 0 220 596 9870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089511HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9512907HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3384SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1704HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9443HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.73
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1236SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8149SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.98→1.99 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3056 -4.37 %
Rwork0.2757 1796 -
all0.2769 1878 -
obs--77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1070.05820.22152.2414-0.14993.45040.02640.24430.056-0.2621-0.067-0.1121-0.15790.15140.0407-0.17680.02190.0028-0.15510.0208-0.187138.284914.5583-5.8996
21.8025-0.1641-0.56561.9127-0.33141.7399-0.01850.047-0.21210.1123-0.00270.1744-0.0241-0.2710.0211-0.1990.0030.0269-0.19760.016-0.18144.889-14.451439.5303
31.39210.029-0.24641.49180.58940.9989-0.07680.0666-0.14660.00750.0352-0.03050.13440.04540.0416-0.12140.0460.0036-0.1785-0.0075-0.175733.4756-16.099111.5821
40.9326-0.30310.00861.2461-0.19351.08950.0295-0.10.03290.1143-0.00240.1247-0.1512-0.0584-0.0271-0.14650.00690.0029-0.1863-0.023-0.166819.845416.352729.9018
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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