PDB-8w3v: Crystal structure of human WDR41

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w3v

タイトル

Crystal structure of human WDR41

要素

WD repeat-containing protein 41

キーワード

PROTEIN BINDING / WD40-repeat / WDR41 / SGC / Structural Genomics / PSI-Biology / Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of immune response / negative regulation of exocytosis / positive regulation of GTPase activity / regulation of autophagy / autophagy / lysosomal membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Hutchinson, A. / Dong, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of human WDR41
著者: Hutchinson, A. / Dong, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2024年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2024年3月27日	ID: 6WHH
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w3v.cif.gz	141.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w3v.ent.gz	106.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w3v_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w3v_full_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示
XML形式データ	8w3v_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	8w3v_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/8w3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/8w3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 41

B: WD repeat-containing protein 41

84.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WD repeat-containing protein 41

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: WD repeat-containing protein 41

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	229.124, 86.006, 52.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.06, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 41 分子量: 42079.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR41, MSTP048 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9HAD4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.5 M Sodium Malonate, pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97911 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→35 Å / Num. obs: 49100 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 1.211 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 219586

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	3.7	0.953	1891	0.692	0.904	0.521	1.094	0.894	74.6
2.24-2.28	4.1	0.763	2118	0.704	0.909	0.398	0.866	1.102	82
2.28-2.32	4.3	0.689	2144	0.801	0.943	0.353	0.779	0.865	84.5
2.32-2.37	4.3	0.662	2281	0.816	0.948	0.343	0.75	0.87	89.2
2.37-2.42	4.4	0.563	2397	0.881	0.968	0.291	0.638	0.857	93.6
2.42-2.48	4.5	0.589	2504	0.86	0.961	0.309	0.669	0.867	96.9
2.48-2.54	4.6	0.534	2528	0.908	0.976	0.28	0.606	0.889	98.2
2.54-2.61	4.7	0.475	2562	0.887	0.969	0.253	0.54	0.886	98.9
2.61-2.68	4.7	0.375	2509	0.935	0.983	0.198	0.426	0.935	98.9
2.68-2.77	4.6	0.272	2598	0.962	0.99	0.145	0.31	0.947	99.3
2.77-2.87	4.5	0.208	2514	0.968	0.992	0.112	0.238	0.982	99.5
2.87-2.99	4.5	0.154	2530	0.986	0.996	0.082	0.176	1.045	98.8
2.99-3.12	4.2	0.119	2527	0.987	0.997	0.066	0.137	1.148	98.1
3.12-3.29	4.1	0.085	2540	0.994	0.998	0.046	0.097	1.244	98.1
3.29-3.49	4.9	0.072	2576	0.997	0.999	0.035	0.08	1.517	99.9
3.49-3.76	4.8	0.063	2565	0.996	0.999	0.031	0.07	1.749	99.7
3.76-4.14	4.8	0.053	2561	0.997	0.999	0.026	0.059	1.793	99.4
4.14-4.74	4.5	0.045	2568	0.998	0.999	0.023	0.051	1.847	98.4
4.74-5.96	4.3	0.044	2572	0.998	0.999	0.023	0.05	1.747	98.7
5.96-35	4.6	0.039	2615	0.999	1	0.019	0.043	1.606	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→34.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 4.78 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25261	2466	5 %	RANDOM
R_work	0.21449	-	-	-
obs	0.21644	46626	95.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.532 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-18.21 Å²	-0 Å²	-0.47 Å²
2-	-	60.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-42.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→34.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4921	0	0	39	4960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	5011
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4602
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.913	1.772	6848
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.328	1.729	10481
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.196	5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.11	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.364	10	709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	845
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.011	6.784	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.009	6.784	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.868	12.165	3298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.867	12.165	3299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.533	6.972	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.532	6.973	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.894	12.708	3551
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.982	64.22	5062
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.98	64.22	5060
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.203→2.261 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	157	-
R_work	0.315	2680	-
obs	-	-	75.51 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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