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万見
- PDB-8w35: Aca2 from Pectobacterium phage ZF40 bound to RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w35
タイトルAca2 from Pectobacterium phage ZF40 bound to RNA
要素
  • Anti-CRISPR associated (Aca) protein, Aca2
  • IR2 and IR-RBS RNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / HTH protein / CRISPR / RNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF1870 / Aca2/YdiL-like / YdiL domain superfamily / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Aca2 repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium phage ZF40 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Wilkinson, M.E. / Birkholz, N. / Kimanius, D. / Fineran, P.C.
資金援助 米国, ニュージーランド, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Other government ニュージーランド
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Phage anti-CRISPR control by an RNA- and DNA-binding helix-turn-helix protein.
著者: Nils Birkholz / Kotaro Kamata / Maximilian Feussner / Max E Wilkinson / Christian Cuba Samaniego / Angela Migur / Dari Kimanius / Marijn Ceelen / Sam C Went / Ben Usher / Tim R Blower / Chris ...著者: Nils Birkholz / Kotaro Kamata / Maximilian Feussner / Max E Wilkinson / Christian Cuba Samaniego / Angela Migur / Dari Kimanius / Marijn Ceelen / Sam C Went / Ben Usher / Tim R Blower / Chris M Brown / Chase L Beisel / Zasha Weinberg / Robert D Fagerlund / Simon A Jackson / Peter C Fineran /
要旨: In all organisms, regulation of gene expression must be adjusted to meet cellular requirements and frequently involves helix-turn-helix (HTH) domain proteins. For instance, in the arms race between ...In all organisms, regulation of gene expression must be adjusted to meet cellular requirements and frequently involves helix-turn-helix (HTH) domain proteins. For instance, in the arms race between bacteria and bacteriophages, rapid expression of phage anti-CRISPR (acr) genes upon infection enables evasion from CRISPR-Cas defence; transcription is then repressed by an HTH-domain-containing anti-CRISPR-associated (Aca) protein, probably to reduce fitness costs from excessive expression. However, how a single HTH regulator adjusts anti-CRISPR production to cope with increasing phage genome copies and accumulating acr mRNA is unknown. Here we show that the HTH domain of the regulator Aca2, in addition to repressing Acr synthesis transcriptionally through DNA binding, inhibits translation of mRNAs by binding conserved RNA stem-loops and blocking ribosome access. The cryo-electron microscopy structure of the approximately 40 kDa Aca2-RNA complex demonstrates how the versatile HTH domain specifically discriminates RNA from DNA binding sites. These combined regulatory modes are widespread in the Aca2 family and facilitate CRISPR-Cas inhibition in the face of rapid phage DNA replication without toxic acr overexpression. Given the ubiquity of HTH-domain-containing proteins, it is anticipated that many more of them elicit regulatory control by dual DNA and RNA binding.
履歴
登録2024年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-CRISPR associated (Aca) protein, Aca2
B: Anti-CRISPR associated (Aca) protein, Aca2
C: IR2 and IR-RBS RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8843
ポリマ－40,8843
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Anti-CRISPR associated (Aca) protein, Aca2


分子量: 13710.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium phage ZF40 (ファージ)
遺伝子: ZF40_0030 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H9C180
#2: RNA鎖 IR2 and IR-RBS RNA


分子量: 13463.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pectobacterium phage ZF40 (ファージ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Anti-CRISPR associated (Aca) protein, Aca2 bound to its 5'UTR RNA (IR2 and IR-RBS)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.0395 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Pectobacterium phage ZF40 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
119 mMTris-HCl pH 7.41
286 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 5.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 25 mA plasma / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 285 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.33 sec. / 電子線照射量: 72.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11232
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7ISOLDEモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
12RELION4最終オイラー角割当
13RELION5分類
14RELION5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 6449886
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 301832 / 詳細: BLUSH regularisation used during refinement / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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