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- PDB-8w30: Crystal structure of alpha-V beta-1 integrin headpiece in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w30
タイトルCrystal structure of alpha-V beta-1 integrin headpiece in complex with TR01225179
要素
  • Integrin alpha-V heavy chain
  • Integrin beta-1
キーワードCELL ADHESION / membrane receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / integrin alpha9-beta1 complex ...integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / integrin alpha9-beta1 complex / regulation of collagen catabolic process / cardiac cell fate specification / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / integrin alpha2-beta1 complex / reactive gliosis / formation of radial glial scaffolds / Other semaphorin interactions / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / Formation of the ureteric bud / myelin sheath abaxonal region / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / CD40 signaling pathway / Fibronectin matrix formation / calcium-independent cell-matrix adhesion / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / integrin alphav-beta1 complex / regulation of synapse pruning / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / basement membrane organization / CHL1 interactions / cardiac muscle cell myoblast differentiation / MET interacts with TNS proteins / Laminin interactions / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / leukocyte tethering or rolling / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / cardiac muscle cell differentiation / germ cell migration / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / Platelet Adhesion to exposed collagen / cell projection organization / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / negative regulation of lipid transport / myoblast fusion / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of phagocytosis / Elastic fibre formation / mesodermal cell differentiation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / myoblast differentiation / filopodium membrane / cell migration involved in sprouting angiogenesis / axon extension / extracellular matrix binding / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / central nervous system neuron differentiation / apoptotic cell clearance / integrin complex / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of fibroblast migration / heterotypic cell-cell adhesion / regulation of spontaneous synaptic transmission / lamellipodium assembly / sarcomere organization / Molecules associated with elastic fibres / MET activates PTK2 signaling / Basigin interactions / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / negative chemotaxis / negative regulation of vasoconstriction / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / muscle organ development / positive regulation of wound healing / positive regulation of osteoblast proliferation / dendrite morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of neuron differentiation / negative regulation of Rho protein signal transduction / microvillus membrane / maintenance of blood-brain barrier / cell-substrate adhesion / response to muscle activity
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Integrin beta-1 / Integrin alpha-V
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Qin, L. / Lane, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Design and Discovery of a Potent and Selective Inhibitor of Integrin alpha v beta 1.
著者: Sabat, M. / Carney, D.W. / Hernandez-Torres, G. / Gibson, T.S. / Balakrishna, D. / Zou, H. / Xu, R. / Chen, C.H. / de Jong, R. / Dougan, D.R. / Qin, L. / Bigi-Botterill, S.V. / Chambers, A. / ...著者: Sabat, M. / Carney, D.W. / Hernandez-Torres, G. / Gibson, T.S. / Balakrishna, D. / Zou, H. / Xu, R. / Chen, C.H. / de Jong, R. / Dougan, D.R. / Qin, L. / Bigi-Botterill, S.V. / Chambers, A. / Miura, J. / Johnson, L.K. / Ermolieff, J. / Johns, D. / Selimkhanov, J. / Kwok, L. / DeMent, K. / Proffitt, C. / Vu, P. / Lindsey, E.A. / Ivetac, T. / Jennings, A. / Wang, H. / Manam, P. / Santos, C. / Fullenwider, C. / Manohar, R. / Flick, A.C.
履歴
登録2024年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-V heavy chain
B: Integrin beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,60016
ポリマ－117,2562
非ポリマー3,34414
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area39870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.184, 148.212, 53.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrin alpha-V heavy chain


分子量: 66498.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAV, MSK8, VNRA, VTNR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P06756
#2: タンパク質 Integrin beta-1 / Fibronectin receptor subunit beta / Glycoprotein IIa / GPIIA / VLA-4 subunit beta


分子量: 50757.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB1, FNRB, MDF2, MSK12
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P05556

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糖 , 3種, 7分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 31分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-A1AFA / N-(2,4-dichlorobenzoyl)-L-phenylalanine


分子量: 338.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13Cl2NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 28% pentaerythritol ethoxylate (15/4_EO/OH), 0.05M ammonium sulfate, 0.05M Bis Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→48.48 Å / Num. obs: 51039 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.45→2.53 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. unique obs: 4394 / CC1/2: 0.453 / Rsym value: 2.389 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→47.875 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 2581 5.08 %
Rwork0.2549 --
obs0.256 50799 91.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.875 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7318 0 209 24 7551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047695
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75510465
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5054584
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4501-2.49720.49891250.49492628X-RAY DIFFRACTION90
2.4972-2.54820.45611330.46042597X-RAY DIFFRACTION88
2.5482-2.60360.39441450.422360X-RAY DIFFRACTION83
2.6036-2.66410.46531340.40682610X-RAY DIFFRACTION87
2.6641-2.73080.43661410.3872729X-RAY DIFFRACTION95
2.7308-2.80460.39531390.37762827X-RAY DIFFRACTION95
2.8046-2.88710.38421430.34792713X-RAY DIFFRACTION95
2.8871-2.98030.41021340.3312798X-RAY DIFFRACTION95
2.9803-3.08680.3691150.32072757X-RAY DIFFRACTION94
3.0868-3.21040.37541390.31412722X-RAY DIFFRACTION93
3.2104-3.35640.36641360.31652726X-RAY DIFFRACTION93
3.3564-3.53330.34261530.28462638X-RAY DIFFRACTION91
3.5333-3.75460.37691090.26462419X-RAY DIFFRACTION82
3.7546-4.04440.27841470.25122729X-RAY DIFFRACTION93
4.0444-4.45110.24851730.21752792X-RAY DIFFRACTION96
4.4511-5.09460.20651670.18852779X-RAY DIFFRACTION96
5.0946-6.41620.21041870.21942691X-RAY DIFFRACTION93
6.4162-47.8750.22581610.20462703X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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