PDB-8w26: X-ray crystal structure of the GAF-PHY domains of SyB-Cph1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w26

タイトル

X-ray crystal structure of the GAF-PHY domains of SyB-Cph1

要素

histidine kinase

キーワード

GENE REGULATION / Histidine Kinase / Phytochrome / PAS-less / Cyanobacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus sp. JA-2-3B'a

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Burgie, E.S. / Vierstra, R.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of the photosensory module from a PAS-less cyanobacterial phytochrome as Pr shows a mix of dark-adapted and photoactivated features.
著者: Burgie, E.S. / Mickles, A.J. / Luo, F. / Miller, M.D. / Vierstra, R.D.

履歴

登録	2024年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2024年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (14) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (8) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: histidine kinase

ヘテロ分子

49.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.846, 102.846, 130.516
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	histidine kinase 分子量: 48764.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus sp. JA-2-3B'a(2-13) (バクテリア) 遺伝子: CYB_2465 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: Q2JIZ5, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.24 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tacsimate, pH 7.0, MOPS, pH 7.0, PEG 3350, DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 40901 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 69.88 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 0.894 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 192826

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.64	4.7	1.516	2044	0.497	0.815	0.78	1.71	0.536	100
2.64-2.69	4.7	1.268	2053	0.638	0.882	0.649	1.429	0.556	100
2.69-2.74	4.7	1.053	2046	0.682	0.901	0.539	1.186	0.544	100
2.74-2.8	4.7	0.816	2041	0.738	0.922	0.418	0.92	0.551	100
2.8-2.86	4.7	0.654	2056	0.838	0.955	0.334	0.736	0.541	100
2.86-2.93	4.7	0.488	2027	0.917	0.978	0.249	0.549	0.548	100
2.93-3	4.7	0.429	2040	0.924	0.98	0.219	0.483	0.571	100
3-3.08	4.7	0.335	2041	0.948	0.987	0.171	0.377	0.585	100
3.08-3.17	4.7	0.245	2046	0.973	0.993	0.125	0.276	0.575	100
3.17-3.28	4.7	0.199	2042	0.977	0.994	0.102	0.224	0.613	100
3.28-3.39	4.7	0.127	2037	0.989	0.997	0.065	0.143	0.624	100
3.39-3.53	4.7	0.094	2088	0.993	0.998	0.048	0.106	0.653	100
3.53-3.69	4.8	0.073	2022	0.996	0.999	0.038	0.082	0.71	100
3.69-3.88	4.7	0.062	2047	0.997	0.999	0.032	0.07	0.757	100
3.88-4.13	4.8	0.059	2052	0.996	0.999	0.03	0.067	1.064	100
4.13-4.45	4.8	0.06	2035	0.994	0.998	0.032	0.069	1.769	100
4.45-4.89	4.7	0.058	2048	0.995	0.999	0.031	0.066	2.327	100
4.89-5.6	4.7	0.058	2048	0.994	0.999	0.031	0.066	2.208	100
5.6-7.05	4.7	0.036	2037	0.998	1	0.019	0.041	1.117	100
7.05-50	4.5	0.023	2051	0.999	1	0.013	0.027	1.048	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→48.57 Å / SU ML: 0.374 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2804
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2423	4077	9.98 %
R_work	0.2005	36762	-
obs	0.2047	40839	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 98.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3021	0	71	156	3248

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	3342
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.61	4554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0391	483
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	598
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.9981	1310

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.63	0.4192	140	0.3363	1241	X-RAY DIFFRACTION	94.59
2.63-2.67	0.3452	136	0.3251	1214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.7	0.3518	148	0.3004	1305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.74	0.359	142	0.2864	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.77	0.3337	142	0.2694	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.81	0.2693	144	0.2661	1269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.86	0.3108	139	0.251	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.9	0.2827	141	0.2694	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.95	0.2876	144	0.2668	1271	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.95-3	0.3711	142	0.2732	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.05	0.3064	139	0.2683	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.11	0.299	142	0.251	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.18	0.2701	137	0.2277	1237	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.18-3.24	0.2814	140	0.2326	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.32	0.2738	141	0.2196	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.4	0.243	144	0.2038	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.49	0.2594	138	0.2126	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.6	0.2307	140	0.2081	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.71	0.2466	140	0.1943	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.85	0.276	142	0.1835	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
3.85-4	0.1861	138	0.1809	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.18	0.2611	138	0.1625	1280	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.4	0.2069	141	0.1573	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.68	0.1918	143	0.1566	1286	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.04	0.1695	143	0.1731	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
5.04-5.54	0.2424	142	0.1999	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
5.55-6.34	0.275	138	0.2009	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
6.35-7.99	0.2337	137	0.2084	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
7.99-48.57	0.1953	136	0.1741	1247	X-RAY DIFFRACTION	97.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.05185747245	-0.545548748288	1.52557998293	1.46322058376	-0.060979268286	2.39493263271	0.198194005983	-0.154398563697	-0.329663762917	-0.332302599991	0.0527823939886	0.443869696613	-0.0738731943999	-0.218980307147	0.0283930871972	0.520115209194	0.0154477368335	-0.10557719376	0.474019066684	0.0503861378065	0.538069923532	-40.0469332519	-19.4732430545	-10.3081747018
2	0.294931187857	0.239828937966	0.0401534425448	0.201333029983	-0.0175379699611	0.0826651057693	0.172735042173	-0.186292762811	-0.0586332787713	0.223903743359	-0.14840985296	0.709883455173	0.128616155351	-1.21064032563	-0.000475715825134	1.02634812956	-0.109893753628	0.0691091617859	1.55735563153	-0.0383050566788	1.13137124872	-57.4388135055	-17.7709456392	-4.59018684071
3	0.915351630032	-0.38420258603	0.83766979763	3.76540243129	-0.700803434208	1.49415328508	0.328124456416	-0.25577214494	0.314343354595	-0.194811382886	-0.454067307454	-0.158099994344	0.0097055570713	-0.352853567848	-0.879175197643	0.505506900199	0.0952042514192	0.0544982069104	0.412160082164	0.0959193574008	0.377836281638	-30.684873086	-12.4179772348	-7.24503613472
4	1.06816007302	0.905323683298	-0.639067594928	2.59249740993	-1.41313385127	1.47379159669	-0.2398825838	-0.444864255623	0.481573710085	0.184988385139	-0.116828753224	-0.208494335401	-0.305510596035	-0.218731143591	-0.0508838386297	0.832380126811	0.0449707361043	-0.233911750641	0.547228815742	0.0797672367109	0.838819054731	-18.1815008136	15.9233446973	-8.79849321846
5	1.1871241232	0.458699164452	0.153256495892	1.05428726867	-0.605499563915	0.464648814171	-0.48001003884	0.475882881833	0.517577711188	-0.37737497884	0.0810208874768	0.151544814424	-0.432740270028	-0.0831175758613	-0.0637417239048	0.805342353929	-0.0168899648399	-0.187253891383	0.599810445845	0.060267330345	0.65327755033	-31.0548611399	1.56584556947	-15.1216630049
6	1.13230322972	0.167833186477	-0.055932962793	0.16251785537	0.312158705133	0.608862781896	-0.194009548384	0.066237730377	0.940566826465	0.841432656586	-0.376345610193	-1.99629441199	-0.416889834873	0.593444674886	-2.86504429517	0.910284727963	-0.09707618535	-0.540443008666	0.845340935782	0.45121427074	2.00873449126	-3.32964398165	8.48724207048	-0.20928954602

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 12 through 97 )	12 - 97	1 - 86
2	2	chain 'A' and (resid 98 through 136 )	98 - 136	87 - 112
3	3	chain 'A' and (resid 137 through 241 )	137 - 241	113 - 217
4	4	chain 'A' and (resid 242 through 319 )	242 - 319	218 - 292
5	5	chain 'A' and (resid 320 through 377 )	320 - 377	293 - 350
6	6	chain 'A' and (resid 378 through 405 )	378 - 405	351 - 378

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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