+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8w26 | ||||||
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Title | X-ray crystal structure of the GAF-PHY domains of SyB-Cph1 | ||||||
Components | histidine kinase | ||||||
Keywords | GENE REGULATION / Histidine Kinase / Phytochrome / PAS-less / Cyanobacteria | ||||||
Function / homology | Function and homology information histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / rhythmic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Synechococcus sp. JA-2-3B'a | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Burgie, E.S. / Vierstra, R.D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of the Photosensory Module from a PAS-Less Cyanobacterial Phytochrome Reveals a Hybrid Activated Conformation in the Dark-Adapted Pr State Authors: Burgie, E.S. / Mickles, A.J. / Luo, F. / Miller, M.D. / Vierstra, R.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8w26.cif.gz | 217 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8w26.ent.gz | 146.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8w26.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/8w26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/8w26 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48764.230 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Synechococcus sp. JA-2-3B'a(2-13) (bacteria) Gene: CYB_2465 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Variant (production host): AI / References: UniProt: Q2JIZ5, histidine kinase | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-CYC / | ||||||
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.54 Å3/Da / Density % sol: 65.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: Tacsimate, pH 7.0, MOPS, pH 7.0, PEG 3350, DMSO |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.9787 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 300 mm / Detector: CCD / Date: Jun 6, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 40901 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 69.88 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.894 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 192826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.6→48.57 Å / SU ML: 0.374 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.2804 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 98.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→48.57 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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