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- PDB-8w21: Crystal Structure of Enolase from Chlamydia trachomatis (P43212 Form) -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8w21 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Enolase from Chlamydia trachomatis (P43212 Form) | |||||||||
![]() | Enolase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Enolase / CHLAMYDIA TRACHOMATIS | |||||||||
Function / homology | ![]() phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Enolase from Chlamydia trachomatis (P43212 Form) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A. / Cutter, A.P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 5.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 5.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 114.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 160.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 46503.457 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: M78V,T178K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 666 molecules ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Chemical | ChemComp-PGE / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Berkeley D7: 100 mM Potassium phosphate dibasic, 100 mM potassium chloride, 30% Peg 3350, ChtrB.00084.a.B1.PW39241 at 18.9 mg/mL. plate 13805 well D7 drop 2. Puck: PSL-0301, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 3, 2024 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→49.35 Å / Num. obs: 192780 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 13.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.199 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 2569312 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.31 Å / % possible obs: 92.9 % / Redundancy: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.524 / Num. measured all: 135568 / Num. unique obs: 13148 / CC1/2: 0.527 / Rpim(I) all: 0.484 / Rrim(I) all: 1.605 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→49.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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