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Yorodumi- PDB-8w21: Crystal Structure of Enolase from Chlamydia trachomatis (P43212 Form) -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8w21 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of Enolase from Chlamydia trachomatis (P43212 Form) | |||||||||
Components | Enolase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Enolase / CHLAMYDIA TRACHOMATIS | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationphosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: To be publishedTitle: Crystal Structure of Enolase from Chlamydia trachomatis (P43212 Form) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A. / Cutter, A.P. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8w21.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8w21.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8w21.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/8w21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/8w21 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 46503.457 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: M78V,T178K Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 666 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PEG / #6: Chemical | ChemComp-PGE / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.73 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Berkeley D7: 100 mM Potassium phosphate dibasic, 100 mM potassium chloride, 30% Peg 3350, ChtrB.00084.a.B1.PW39241 at 18.9 mg/mL. plate 13805 well D7 drop 2. Puck: PSL-0301, Cryo: 20% PEG 200 + 80% crystallant |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 3, 2024 |
| Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.25→49.35 Å / Num. obs: 192780 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 13.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.199 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 2569312 |
| Reflection shell | Resolution: 2.25→2.31 Å / % possible obs: 92.9 % / Redundancy: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 1.524 / Num. measured all: 135568 / Num. unique obs: 13148 / CC1/2: 0.527 / Rpim(I) all: 0.484 / Rrim(I) all: 1.605 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25→49.35 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.76 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→49.35 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation
PDBj




