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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w1o | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of BTV virion | |||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Bluetongue virus / capsid protein / assembly intermediate / virion | |||||||||
機能・相同性 | ![]() viral genome replication / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / nucleotide binding / virion attachment to host cell / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Xia, X. / Sung, P.Y. / Martynowycz, M.W. / Gonen, T. / Roy, P. / Zhou, Z.H. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: RNA genome packaging and capsid assembly of bluetongue virus visualized in host cells. 著者: Xian Xia / Po-Yu Sung / Michael W Martynowycz / Tamir Gonen / Polly Roy / Z Hong Zhou / ![]() ![]() 要旨: Unlike those of double-stranded DNA (dsDNA), single-stranded DNA (ssDNA), and ssRNA viruses, the mechanism of genome packaging of dsRNA viruses is poorly understood. Here, we combined the techniques ...Unlike those of double-stranded DNA (dsDNA), single-stranded DNA (ssDNA), and ssRNA viruses, the mechanism of genome packaging of dsRNA viruses is poorly understood. Here, we combined the techniques of high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM), cellular cryoelectron tomography (cryo-ET), and structure-guided mutagenesis to investigate genome packaging and capsid assembly of bluetongue virus (BTV), a member of the Reoviridae family of dsRNA viruses. A total of eleven assembly states of BTV capsid were captured, with resolutions up to 2.8 Å, with most visualized in the host cytoplasm. ATPase VP6 was found underneath the vertices of capsid shell protein VP3 as an RNA-harboring pentamer, facilitating RNA packaging. RNA packaging expands the VP3 shell, which then engages middle- and outer-layer proteins to generate infectious virions. These revealed "duality" characteristics of the BTV assembly mechanism reconcile previous contradictory co-assembly and core-filling models and provide insights into the mysterious RNA packaging and capsid assembly of Reoviridae members and beyond. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 43727MC ![]() 8w12C ![]() 8w19C ![]() 8w1cC ![]() 8w1iC ![]() 8w1rC ![]() 8w1sC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 103410.508 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q1AE73 #2: タンパク質 | | 分子量: 149926.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: W0G557, RNA-directed RNA polymerase #3: RNA鎖 | | 分子量: 2167.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() #4: RNA鎖 | | 分子量: 2825.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 112125.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: B7U676 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() 細胞: sf9 / プラスミド: pFastBac1 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Ovis aries |
ウイルス殻 | 直径: 880 nm |
緩衝液 | pH: 8.8 |
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: Tris |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Virus isolated from infected BHK cells |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 62928 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1686780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 498646 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 81 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |