PDB-8w1m: T.thermophilus DNAK nucleotide binding domain in complex with ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w1m

タイトル

T.thermophilus DNAK nucleotide binding domain in complex with ADP

要素

Chaperone protein DnaK

キーワード

CHAPERONE / DNAK / Hsp70 / nucleotide binding / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Miller, D.J. / Kalodimos, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: T.thermophilus DNAK nucleotide binding domain in complex with ADP
著者: Miller, D.J. / Kalodimos, C.

履歴

登録	2024年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w1m.cif.gz	351.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w1m.ent.gz	239 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8w1m_validation.pdf.gz	1014.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w1m_full_validation.pdf.gz	1021.2 KB	表示
XML形式データ	8w1m_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	8w1m_validation.cif.gz	40 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/8w1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/8w1m	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Chaperone protein DnaK

B: Chaperone protein DnaK

ヘテロ分子

83.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Chaperone protein DnaK

B: Chaperone protein DnaK

ヘテロ分子

A: Chaperone protein DnaK

B: Chaperone protein DnaK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
167 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.761, 179.939, 66.587
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70 分子量: 41256.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: dnaK, TTHA1491 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q56235
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.69 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1:1 volume ratio of protein to reservoir Protein sample: 1.22 mM DnaK, 1.5 mM ADP Protein buffer: 20 mM HEPES pH 7.0, 75mM KCL, 5mM MgSO4 Well solution: 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 0.15 M CaAc, 42% PEG 600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→46.1 Å / Num. obs: 29004 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 56.23 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_sym value: 0.118 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.75→2.92 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4594 / CC_1/2: 0.882 / R_sym value: 0.76 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→46.1 Å / SU ML: 0.3777 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.872
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2594	1465	5.06 %
R_work	0.2252	27461	-
obs	0.227	28926	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→46.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5689	0	61	29	5779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0036	5822
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6851	7903
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0476	943
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	1029
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.7684	2161

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.85	0.3904	125	0.3773	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.85-2.96	0.4013	152	0.3476	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.96-3.1	0.3826	117	0.3188	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.16
3.1-3.26	0.3406	146	0.2755	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.26-3.46	0.3082	153	0.244	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.46-3.73	0.2456	160	0.2225	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.73-4.11	0.2899	137	0.2028	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.11-4.7	0.1987	142	0.1758	2763	X-RAY DIFFRACTION	98.98
4.7-5.92	0.2258	172	0.1987	2750	X-RAY DIFFRACTION	98.92
5.92-46.1	0.2018	161	0.1944	2930	X-RAY DIFFRACTION	99.39

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.812262063147	0.360195207429	-0.105756735956	0.116482486319	-0.111660261678	-0.00586604434076	0.059741085589	-0.113371484923	-0.0940333081091	0.00170409602524	0.0765738370628	-0.081338281839	-0.350981649218	0.0878463567395	-3.70612623067E-10	0.55844178325	-0.069380671613	0.0852082598649	0.634050410897	-0.0621049097379	0.503115940592	45.190814394	27.5437663779	10.5318685841
2	0.0397501473422	-0.236039984261	-0.123099553289	0.27634257385	-0.0653991257453	-0.0155836613384	0.214037365903	0.0337866384018	0.129114826979	-0.192629350018	-0.0106814213725	0.175635978084	-0.163935740045	0.17955868875	3.48496292152E-7	0.633802152858	0.00301681094683	0.0658128682939	0.505300935947	0.062070761546	0.568344254844	31.2042941123	35.2869031638	5.46801480332
3	0.288181142612	-0.0525371114984	0.220625836888	0.0675396560227	0.00618099941857	0.074004168902	0.374411138191	0.220687453563	0.349683541736	-0.102291194706	0.148522901805	0.45002381264	-0.897201274466	-0.811975672843	4.77069649204E-7	0.917678704601	0.0587737014946	0.052598505203	0.698482697794	0.0177685254072	0.760118699875	25.3710615919	35.8287257	-1.61902784958
4	0.00109722063849	-0.372866772196	0.746592454227	0.673374289088	-0.115898817144	1.00286481474	0.009526218051	0.0456734424963	-0.10933981684	-0.150667238615	0.0898967724581	0.111688956483	-0.148818101151	0.0700250046226	2.18125111795E-10	0.570250081674	0.0117618850977	0.0166355721168	0.482279276154	-0.00753275313208	0.405993965656	37.951072708	18.6957916056	7.67777911278
5	-0.216218670019	-0.144248642428	-0.00256948559039	0.0815212399202	-0.135657527017	0.163345562597	0.0463778215231	-0.076501051385	0.0821820501281	-0.186351854161	0.0148630522629	0.0620649663909	0.0341806991098	-0.00717457301412	-7.29661418793E-11	0.633693577944	0.0344634841896	0.0315070224488	0.563458596501	-0.00720701757116	0.589189953355	26.9111806935	31.8096433482	21.8088615246
6	-0.347091182129	-0.555565572402	0.420257825069	0.72041924373	0.223207773925	0.562802283891	-0.0623901262847	0.0699848664933	-0.0295340189648	0.230359528339	0.210329013562	0.0745171190951	-0.147611884393	-0.0647565362802	-3.30273343581E-9	0.395582227037	0.02741318429	0.10769206634	0.446226093495	0.0296790209093	0.565414639148	30.5086899192	35.6872812158	26.4755530284
7	-0.187486739609	0.117378039211	0.28661901893	0.0284433401839	-0.0609325878495	0.438171376934	0.358474124371	-0.0781555575026	0.0160901431574	-0.325252485575	-0.143887523081	0.215827842195	-0.351715800214	0.221894233109	1.93205416897E-8	0.47001249124	0.00206101348489	0.0986826765435	0.528454226375	0.0144813197478	0.466279304986	37.8397708711	15.0774950004	21.9115274323
8	-0.276983193321	-0.141373043549	0.356971742932	0.232868018115	-0.264570307606	0.137005364438	0.00635053265782	0.167369610293	-0.00973152018744	0.35378034558	0.0880687443603	0.114358469444	-0.103999491404	0.0569388815696	-1.12549223182E-7	0.55510254194	-0.000179180594668	0.0593705908596	0.470778974445	0.00269381506585	0.5364643492	43.7285585688	22.6617091018	44.6240352106
9	0.0795034873814	0.615495164682	-0.218320244281	0.229537784793	-0.881174949519	0.141036620471	0.462306381724	-0.0459870176179	-0.0279210296335	0.092543735457	-0.342898485261	0.109616798114	-0.292426730929	0.0994857149129	-1.69280249593E-7	0.754845877075	-0.18072668921	0.023802089863	0.451426109112	-0.067512135463	0.421354338459	57.4257379554	31.4325561474	51.4230309774
10	-0.420241664585	0.400974431526	-0.163628812126	1.31454965021	-0.328896473904	0.271362363688	0.224913261962	0.0135259324764	-0.166695238145	0.189279933172	-0.199974751387	-0.0163770407659	-0.132584227606	0.0746729657698	-3.18485888782E-9	0.475542674863	-0.0848730728468	-0.0103320596859	0.404637628949	0.00657502511287	0.334054043379	55.5203086111	17.2925230178	46.9527623568
11	-0.0449627665107	0.168043605466	-0.0179802982396	0.155772161277	0.131450566047	0.292409628947	-0.074690212919	0.167955192873	-0.027975135199	0.269366320281	0.00226172845711	0.135694789737	-0.168483562742	0.038036780795	-8.57421780855E-8	0.496788658331	-0.0593037930378	0.0553624342503	0.382904269665	0.0191414970021	0.546014538052	57.1711151645	44.6038543381	35.6600354897
12	0.593358595191	0.0211785275838	-0.20900148763	0.543377208589	1.18021813013	0.289920095342	-0.0569201589891	0.182429691935	0.0748781097445	-0.029237879288	0.0487499554991	0.0198995730399	-0.078468179351	0.0509333530015	1.71303663574E-8	0.422180920858	-0.0427258065648	0.0536685220331	0.496141826891	0.0102625043164	0.494517267662	59.9864835717	33.7057040502	29.3083689922
13	0.564616176131	-0.0588957392695	-0.55842088774	-0.304943512371	0.506065887059	-0.236381172091	-0.0803196479682	0.195116136412	0.246217131553	-0.237130311813	0.177190740838	0.152677532913	0.214524859101	-0.151686458263	1.47914474348E-7	0.368075316277	-0.028656737832	-0.0050784688295	0.363843070642	0.034828752574	0.331345339228	51.2784022845	14.7302609018	30.9012078547

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 50 )	A	A	3 - 50	1 - 48
2	2	chain 'A' and (resid 51 through 79 )	A	A	51 - 79	49 - 77
3	3	chain 'A' and (resid 80 through 104 )	A	A	80 - 104	78 - 102
4	4	chain 'A' and (resid 105 through 203 )	A	A	105 - 203	103 - 201
5	5	chain 'A' and (resid 204 through 240 )	A	A	204 - 240	202 - 238
6	6	chain 'A' and (resid 241 through 340 )	A	A	241 - 340	239 - 338
7	7	chain 'A' and (resid 341 through 381 )	A	A	341 - 381	339 - 379
8	8	chain 'B' and (resid 1 through 50 )	B	C	1 - 50	1 - 48
9	9	chain 'B' and (resid 51 through 79 )	B	C	51 - 79	49 - 77
10	10	chain 'B' and (resid 80 through 220 )	B	C	80 - 220	78 - 218
11	11	chain 'B' and (resid 221 through 266 )	B	C	221 - 266	219 - 264
12	12	chain 'B' and (resid 267 through 340 )	B	C	267 - 340	265 - 338
13	13	chain 'B' and (resid 341 through 382 )	B	C	341 - 382	339 - 380

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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