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- PDB-8w1k: Crystal Structure of a fatty acid decarboxylase from Corynebacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w1k
タイトルCrystal Structure of a fatty acid decarboxylase from Corynebacterium lipophiloflavum in complex with oleic acid
要素Fatty acid decarboxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OLEIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Unspecific monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium lipophiloflavum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Generoso, W.C. / Miyamoto, R.Y. / Murakami, M.T. / Zanphorlin, L.M.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/02865-2 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2019/08855-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2021/14410-2 ブラジル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Coordinated conformational changes in P450 decarboxylases enable hydrocarbons production from renewable feedstocks.
著者: Generoso, W.C. / Alvarenga, A.H.S. / Simoes, I.T. / Miyamoto, R.Y. / Melo, R.R. / Guilherme, E.P.X. / Mandelli, F. / Santos, C.A. / Prata, R. / Santos, C.R.D. / Colombari, F.M. / Morais, M.A. ...著者: Generoso, W.C. / Alvarenga, A.H.S. / Simoes, I.T. / Miyamoto, R.Y. / Melo, R.R. / Guilherme, E.P.X. / Mandelli, F. / Santos, C.A. / Prata, R. / Santos, C.R.D. / Colombari, F.M. / Morais, M.A.B. / Pimentel Fernandes, R. / Persinoti, G.F. / Murakami, M.T. / Zanphorlin, L.M.
履歴
登録2024年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid decarboxylase
B: Fatty acid decarboxylase
C: Fatty acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,11922
ポリマ－148,1803
非ポリマー3,93919
水18,3031016
1
A: Fatty acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8609
ポリマ－49,3931
非ポリマー1,4678
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7337
ポリマ－49,3931
非ポリマー1,3396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Fatty acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5266
ポリマ－49,3931
非ポリマー1,1335
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.905, 170.367, 121.603
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Fatty acid decarboxylase


分子量: 49393.383 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium lipophiloflavum (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0298_0515
詳細 (発現宿主): pGTF2 which encodes GroEL, GroES and Tig chaperones
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C0XPZ5

-
非ポリマー , 7種, 1035分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1016 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30 % (w/v) PEG4000, 0.2 M MgCl2 and 0.1 M Hepes pH 7.5. The protein was concentrated in Buffer GF containing HEPES, NaCl, 1 mM oleic acid, and 5% Glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.9772 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→49.74 Å / Num. obs: 179979 / % possible obs: 79.3 % / 冗長度: 13.55 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 4.02
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.7-1.81.016242730.261.3991
1.8-1.930.626229460.4810.8571
1.93-2.080.363209280.750.4951
2.08-2.280.222191430.890.3011
2.28-2.550.162171190.9390.2151
2.55-2.940.129143600.9610.1681
2.94-3.60.08113270.9840.1041
3.6-5.080.05583600.9910.0711
5.08-49.740.05643690.9930.0691

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→48.95 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1965 9002 5 %
Rwork0.1683 --
obs0.1697 179979 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9708 0 268 1016 10992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01210218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10213876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4233762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111840
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.48332990.46945667X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.740.43382990.40045688X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.760.38872960.36475613X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.780.36092960.34845640X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.810.34332980.32925644X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.830.32162980.29775677X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.860.29042980.24945653X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.880.2732990.23645673X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.910.27943000.23195699X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.950.27372950.22965613X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.980.24393000.22965704X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.020.26952980.24685649X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.050.25332980.2225695X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10.21012970.18685642X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.140.23633000.17735689X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.190.21342980.16945673X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.250.20223020.16465729X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.310.18822980.15515672X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.370.19362990.15125675X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.450.17512980.14675670X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.540.19723010.15145718X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.640.19243010.15425715X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.760.19793010.16595708X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.910.19573010.15995733X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.090.19123010.16565708X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.330.2023020.16185748X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.660.16573030.1485750X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.190.14553040.12765781X-RAY DIFFRACTION100
4.19-5.280.1543060.12175815X-RAY DIFFRACTION100
5.28-48.950.15063160.14685985X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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