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万見
- PDB-8w1d: CRYSTAL STRUCTURE OF DPS-LIKE PROTEIN PA4880 FROM PSEUDOMONAS AER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w1d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DPS-LIKE PROTEIN PA4880 FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA (DIMERIC FORM)
要素DPS-LIKE PROTEIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / PA4880 / DPS protein / metal binding / DNA cleavage
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein from starved cells-like / Bacterioferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Rivera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI169344 米国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2024
タイトル: Pseudomonas aeruginosa gene PA4880 encodes a Dps-like protein with a Dps fold, bacterioferritin-type ferroxidase centers, and endonuclease activity.
著者: Rajapaksha, N. / Yao, H. / Cook, A. / Seibold, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Fontenot, L. / Donnarumma, F. / Lovell, S. / Rivera, M.
履歴
登録2024年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DPS-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3533
ポリマ－20,2421
非ポリマー1122
水2,648147
1
A: DPS-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子

A: DPS-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7076
ポリマ－40,4832
非ポリマー2234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y,-z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area12810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.938, 44.580, 51.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DPS-LIKE PROTEIN


分子量: 20241.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA4880 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HUT3
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Proplex D5: 8% (w/v) PEG 6,000, 100 mM MES pH 6.0, 100 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月14日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→28.76 Å / Num. obs: 32140 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 327050
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Num. measured all: 13991 / Num. unique obs: 1585 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.419 / Rrim(I) all: 1.253 / Χ2: 0.76 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18rc4_3812: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
SHELXCD位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→28.76 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 19.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.179 1559 4.86 %
Rwork0.1451 --
obs0.1468 32096 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→28.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1171 0 2 147 1320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9221614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.936450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.340.26741240.21762758X-RAY DIFFRACTION100
1.34-1.390.22061600.18822737X-RAY DIFFRACTION100
1.39-1.450.19271470.16582752X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.510.18071490.13312765X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.590.18121300.11722773X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.690.17871320.11952764X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.820.18191520.12672782X-RAY DIFFRACTION100
1.82-20.16661390.12782773X-RAY DIFFRACTION100
2-2.290.15881400.12562785X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.890.16491390.15112796X-RAY DIFFRACTION100
2.89-28.760.18611470.15532852X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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