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万見
- PDB-8w19: Cryo-EM structure of BTV star-subcore -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w19
タイトルCryo-EM structure of BTV star-subcore
要素
  • Core protein VP3
  • VP6
キーワードVIRAL PROTEIN / Bluetongue virus / capsid protein / assembly intermediate
機能・相同性VP6 blue-tongue virus inner capsid protein / Orbivirus helicase VP6 / Inner layer core protein VP3, Orbivirus / Orbivirus VP3 (T2) protein / Inner layer core protein VP3, Reovirus / viral capsid / structural molecule activity / VP6 / Core protein VP3
機能・相同性情報
生物種Bluetongue virus (ブルータングウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Xia, X. / Sung, P.Y. / Martynowycz, M.W. / Gonen, T. / Roy, P. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, 英国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
Wellcome TrustWT221749/20/Z 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: RNA genome packaging and capsid assembly of bluetongue virus visualized in host cells.
著者: Xian Xia / Po-Yu Sung / Michael W Martynowycz / Tamir Gonen / Polly Roy / Z Hong Zhou /
要旨: Unlike those of double-stranded DNA (dsDNA), single-stranded DNA (ssDNA), and ssRNA viruses, the mechanism of genome packaging of dsRNA viruses is poorly understood. Here, we combined the techniques ...Unlike those of double-stranded DNA (dsDNA), single-stranded DNA (ssDNA), and ssRNA viruses, the mechanism of genome packaging of dsRNA viruses is poorly understood. Here, we combined the techniques of high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM), cellular cryoelectron tomography (cryo-ET), and structure-guided mutagenesis to investigate genome packaging and capsid assembly of bluetongue virus (BTV), a member of the Reoviridae family of dsRNA viruses. A total of eleven assembly states of BTV capsid were captured, with resolutions up to 2.8 Å, with most visualized in the host cytoplasm. ATPase VP6 was found underneath the vertices of capsid shell protein VP3 as an RNA-harboring pentamer, facilitating RNA packaging. RNA packaging expands the VP3 shell, which then engages middle- and outer-layer proteins to generate infectious virions. These revealed "duality" characteristics of the BTV assembly mechanism reconcile previous contradictory co-assembly and core-filling models and provide insights into the mysterious RNA packaging and capsid assembly of Reoviridae members and beyond.
履歴
登録2024年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core protein VP3
B: Core protein VP3
C: VP6
D: Core protein VP3
E: Core protein VP3
F: Core protein VP3
G: Core protein VP3
H: Core protein VP3
I: Core protein VP3
J: Core protein VP3
K: Core protein VP3
L: VP6
M: VP6
N: VP6
O: VP6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,212,06815
ポリマ－1,212,06815
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Core protein VP3 / Major inner capsid protein


分子量: 103410.508 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ウイルス)
遺伝子: VP3 / プラスミド: pFastBac1 / Cell (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q1AE73
#2: タンパク質
VP6


分子量: 35592.672 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ウイルス)
プラスミド: pFastBac1 / Cell (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: C5IWW5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa)
タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.46 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
細胞: sf9 / プラスミド: pFastBac1
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Ovis aries
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTris1
2100 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMDTT1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: In vitro assembled capsid by using the purified proteins
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9015
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM4画像取得
4RELION3.1CTF補正
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 16932
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7837 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 90 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00378340
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.751106225
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.22110610
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0511910
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00613740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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