[日本語] English
万見
- PDB-8w16: Pyroglutamaic acid position 1 synthetic analogue of RgIA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w16
タイトルPyroglutamaic acid position 1 synthetic analogue of RgIA
要素Alpha-conotoxin RgIA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin RgIA
機能・相同性情報
生物種Conus regius (無脊椎動物)
手法溶液NMR / na
データ登録者Agwa, A.J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: On-resin bicyclization improves synthesis of alpha-conotoxin RgIA4-6
著者: Giribaldi, J. / Agwa, A.J. / Schroeder, C.I.
履歴
登録2024年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-conotoxin RgIA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9361
ポリマ－1,9361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, Assembly of PCA not rendering correctly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1medoid

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Alpha-conotoxin RgIA


分子量: 1935.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus regius (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P0C1D0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112anisotropic12D 1H-13C HSQC
121anisotropic12D 1H-15N HSQC
131anisotropic12D 1H-1H NOESY
141anisotropic12D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mg/mL JG055, 90% H2O/10% D2OJG05590% H2O/10% D2O
solution21 mg/mL JG055, 100% D2OJG055-D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mg/mLJG055natural abundance1
1 mg/mLJG055natural abundance2
試料状態イオン強度: na M / Label: JG055 / pH: 4 / 圧: 1 Pa / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
TopSpinBruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: na / ソフトェア番号: 2 / 詳細: no refinement was performed
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る