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- PDB-8w0y: Crystal structure of broadly neutralizing antibody hcab17 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w0y
タイトルCrystal structure of broadly neutralizing antibody hcab17 in complex with Hepatitis C virus envelope glycoprotein E2 ectodomain
要素
  • Envelope glycoprotein E2
  • hcab17 Fab Heavy Chain
  • hcab17 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / host cell mitochondrion / lipid droplet / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / viral envelope / structural molecule activity / virion membrane / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepacivirus hominis (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Flyak, A.I. / Wilcox, X.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI159822 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R00 AI153465 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K99 AI153465 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Convergent evolution and targeting of diverse E2 epitopes by human broadly neutralizing antibodies are associated with HCV clearance.
著者: Ogega, C.O. / Skinner, N.E. / Schoenle, M.V. / Wilcox, X.E. / Frumento, N. / Wright, D.A. / Paul, H.T. / Sinnis-Bourozikas, A. / Clark, K.E. / Figueroa, A. / Bjorkman, P.J. / Ray, S.C. / ...著者: Ogega, C.O. / Skinner, N.E. / Schoenle, M.V. / Wilcox, X.E. / Frumento, N. / Wright, D.A. / Paul, H.T. / Sinnis-Bourozikas, A. / Clark, K.E. / Figueroa, A. / Bjorkman, P.J. / Ray, S.C. / Flyak, A.I. / Bailey, J.R.
履歴
登録2024年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hcab17 Fab Heavy Chain
B: hcab17 Fab Light Chain
C: Envelope glycoprotein E2
D: Envelope glycoprotein E2
H: hcab17 Fab Heavy Chain
L: hcab17 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,38717
ポリマ－155,1116
非ポリマー5,27611
水724
1
A: hcab17 Fab Heavy Chain
B: hcab17 Fab Light Chain
D: Envelope glycoprotein E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8408
ポリマ－77,5563
非ポリマー2,2845
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area32580 Å2
手法PISA
2
C: Envelope glycoprotein E2
H: hcab17 Fab Heavy Chain
L: hcab17 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5479
ポリマ－77,5563
非ポリマー2,9926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9230 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area33220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.410, 179.410, 168.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体 hcab17 Fab Heavy Chain


分子量: 25217.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 hcab17 Fab Light Chain


分子量: 23392.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 6分子 CD

#3: タンパク質 Envelope glycoprotein E2


分子量: 28946.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepacivirus hominis (ウイルス) / 株: 1b09 / プラスミド: pCMV / 細胞株 (発現宿主): HEK293expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2P0NE15
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 4種, 11分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.0 M Sodium citrate tribasic dihydrate and 0.1 M Sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.31→89.71 Å / Num. obs: 47162 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.483 / Rpim(I) all: 0.163 / Rrim(I) all: 0.51 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 459905
反射 シェル解像度: 3.31→3.43 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 3.032 / Num. measured all: 40627 / Num. unique obs: 4577 / CC1/2: 0.235 / Rpim(I) all: 1.063 / Rrim(I) all: 3.216 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.31→77.69 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.8 / 位相誤差: 26.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 2248 4.77 %
Rwork0.2094 --
obs0.2115 47086 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→77.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10443 0 349 4 10796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09815130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0071692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011917
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.31-3.380.37561380.33452773X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.460.31461280.31272759X-RAY DIFFRACTION99
3.46-3.550.31761480.29642735X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.640.30621530.272789X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.750.27971310.26952772X-RAY DIFFRACTION100
3.75-3.870.3191510.25272746X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.010.291450.23432798X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.170.27251440.21052792X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.360.24841320.19462783X-RAY DIFFRACTION100
4.36-4.590.22871570.17832793X-RAY DIFFRACTION100
4.59-4.880.22781560.17112765X-RAY DIFFRACTION100
4.88-5.250.18731280.16612828X-RAY DIFFRACTION100
5.25-5.780.21951040.17282850X-RAY DIFFRACTION100
5.78-6.620.26891470.20262836X-RAY DIFFRACTION100
6.62-8.330.23371340.19422855X-RAY DIFFRACTION100
8.34-77.690.22291520.19042964X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.84187.29856.80227.27935.92245.2080.1885-0.93140.75230.4256-1.4346-0.53040.1346-0.70711.32720.89370.03620.10461.0325-0.14781.093959.140342.806734.2218
21.9791-3.14012.6674.456-4.37547.0630.3751-0.2266-0.2534-0.28-0.30991.61961.65410.7542-0.4441.1077-0.2359-0.17570.9809-0.341.306453.148816.833839.382
37.9034-1.4151-2.17910.66272.35877.10410.6007-0.2955-0.87560.5838-0.0770.05790.6411-0.2953-0.40041.6731-0.12630.01770.7450.00141.317679.13584.342144.0842
43.36590.61411.3971.1639-0.20964.94530.1358-0.0051-0.4903-0.0407-0.01630.20630.2938-0.1278-0.16340.8849-0.1563-0.01710.5788-0.10220.861674.093717.913239.3648
52.77451.1941-0.38320.3025-0.1891.1187-0.0778-0.10730.81370.24120.2064-0.59750.70330.9839-0.09881.06390.2883-0.18930.9545-0.07791.294776.063522.061863.3831
61.73662.48832.80684.80085.06785.59670.32350.4088-0.87140.7826-0.60220.04631.2537-1.2920.16911.2284-0.23080.26111.2666-0.39261.314749.6619.720753.7439
78.27273.90813.41835.92614.74654.20670.44750.0062-0.13140.408-0.68580.69420.3478-1.85780.26450.96490.0183-0.12541.4587-0.06231.040641.621347.131850.0553
81.0776-0.3931-1.04458.067-6.03617.05030.04480.2895-0.13470.53120.24960.5989-0.1996-0.9214-0.27110.6757-0.1215-0.01630.9423-0.21320.79750.232136.447258.054
92.6222-1.25712.01132.8325-1.22765.98910.0133-0.0017-0.2639-0.3293-0.03910.28340.2155-0.13520.02380.4413-0.09230.00460.6392-0.09610.667555.057140.946953.9577
103.9205-0.6443-0.76545.3869-4.78019.2833-0.290.27510.3255-0.49230.03430.45950.4614-0.30080.30051.03880.1352-0.09070.8322-0.14640.648377.634832.3258.294
117.54661.4978-3.5366.3775-1.92189.4025-0.0657-0.60020.27330.33410.2151-0.2259-0.56370.9984-0.16330.69130.0346-0.03690.5929-0.03790.481184.897737.162418.1615
124.0036-0.89970.52533.2249-0.95499.27460.2877-0.2778-0.0760.1626-0.14690.23420.0517-0.8309-0.07380.5758-0.05510.00760.4749-0.04820.654383.004535.240118.8237
130.7408-2.34240.4487.84090.57074.34130.26360.6462-0.2148-1.2942-0.05370.15880.0514-0.2705-0.24360.6708-0.1303-0.0380.7918-0.04210.642286.39520.9605-9.3254
144.644-3.64253.45493.005-3.697.45770.77030.26630.039-2.1201-0.5391-0.438-0.8350.2085-0.29320.9707-0.11480.070.7925-0.10580.788892.328210.7662-13.0927
151.8733-1.89041.53458.8697-0.06663.2041-0.070.3987-0.1661-0.14440.0830.2014-0.4711-0.3595-0.02891.01-0.04650.07470.9347-0.0720.656285.90311.929-9.8844
161.9997-1.04781.99951.99973.33171.999910.8847-15.722326.55654.4981-6.870621.1522-11.657-0.6946-4.08792.42560.39870.47911.4488-0.56211.254394.23652.625-27.6818
174.59590.1591-0.29863.04850.84926.2979-0.2254-0.11520.049-0.05890.0410.0844-0.05-0.18190.16510.40590.0435-0.02280.40180.02390.578771.752746.657879.7094
182.49110.24953.50294.1242-2.28716.5686-1.9979-1.79831.34871.89461.41280.37450.4625-0.24230.57930.74170.3401-0.06631.4476-0.19540.937648.421860.9363109.9418
198.8513-2.28911.89981.3359-1.23114.8387-0.0902-0.5527-0.67580.21980.05660.35650.32370.10420.04380.81420.16380.07380.90830.01310.783849.174653.5507104.2446
201.4883-2.2726-2.72144.21125.356.72240.3692-0.1876-0.4495-1.0223-0.21860.40.3270.4062-0.09960.93270.1811-0.07810.784-0.04410.9406106.065423.621917.1447
215.67872.1592-0.79159.4233-2.60380.69640.1251-0.09110.11640.50150.058-0.43690.32660.2703-0.1050.89880.1272-0.10490.7579-0.06290.5356101.327630.07723.8374
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236.11475.53414.82445.52993.08018.9891-0.34760.01781.50261.3641-0.14770.0814-0.29890.11650.35950.5926-0.1374-0.02070.6962-0.1551.061497.535136.819520.0809
242.4251-1.8699-0.16233.60011.78086.45870.61760.2669-0.1961-0.36010.004-0.07410.5629-0.2299-0.59621.0317-0.20570.1250.8257-0.12970.770199.358512.323-9.5272
253.2409-1.48780.76386.7813-4.6134.50620.10870.1504-0.0516-0.3465-0.0118-0.7353-0.2290.7175-0.03310.9992-0.11680.08840.9838-0.13140.9367104.204315.6577-9.8841
262.61431.7836-1.94049.5679-6.20436.8214-0.92480.7746-0.7014-0.31350.1943-1.58150.0528-0.14610.66220.9909-0.07210.15360.7012-0.22771.0495102.042816.7202-6.275
275.9057-3.35213.90376.9545-4.94663.94230.04481.04460.6122-0.6816-0.2163-0.6762-1.42641.31350.14851.2207-0.01770.18850.9491-0.15560.9389102.544718.9982-20.9506
282.2059-1.96351.90652.6214-2.40772.18270.72242.28590.202-0.23430.03280.11370.00352.9325-0.80191.256-0.09130.38411.61770.08471.2386108.521210.3635-17.553
296.919-0.9842-4.57246.54191.13014.34020.2022-0.00610.6232-0.3039-0.20330.32-0.6758-0.23840.0720.64180.1061-0.10550.5179-0.04020.664967.57769.909473.332
301.5515-0.5106-1.98044.02122.85375.71220.24830.55630.1648-0.1254-0.34620.2269-0.2908-0.99340.10650.41250.079-0.06250.7180.06830.661361.445364.110673.5772
316.0762-2.58684.58885.0603-3.15894.883-0.7005-0.8971.05081.33540.5159-0.4613-0.93620.10410.24380.840.2551-0.08891.0654-0.39181.090255.224867.354108.6949
321.8981-0.5626-1.74493.7189-1.4364.9951-0.3348-1.1163-0.25930.19390.3140.36970.4693-0.47020.2110.62680.11950.14821.0538-0.24451.086457.808166.0577103.8812
332.8404-3.68112.89588.8872-7.10295.434-0.8627-0.61720.13332.43760.5782-0.544-2.57930.2350.14551.39080.2292-0.19921.0336-0.33511.152354.539974.4904112.9216
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 404 through 423 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 424 through 450 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 451 through 484 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 485 through 645 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 399 through 424 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 425 through 451 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 452 through 484 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 485 through 509 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 510 through 645 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1 through 22 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 23 through 66 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 67 through 103 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 104 through 130 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 131 through 145 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 146 through 214 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 215 through 226 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 1 through 120 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 121 through 145 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 146 through 225 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 170 through 187 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 188 through 207 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 208 through 259 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 260 through 271 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 272 through 297 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 298 through 319 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 320 through 343 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 344 through 367 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 368 through 382 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'L' and (resid 170 through 201 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'L' and (resid 202 through 282 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'L' and (resid 283 through 321 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'L' and (resid 322 through 355 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'L' and (resid 356 through 382 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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