PDB-8w0n: IRED crystal structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w0n

タイトル

IRED crystal structure

要素

IRED

キーワード

OXIDOREDUCTASE / protein engineering / imine reductase / scalable manufacturing

機能・相同性

NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2024
タイトル: Enhancing the Imine Reductase Activity of a Promiscuous Glucose Dehydrogenase for Scalable Manufacturing of a Chiral Neprilysin Inhibitor Precursor
著者: Yi, X. / Kleinbeck, F. / Ching, C. / Boghospor, L. / Gomes, S. / Alvizo, O. / Allmendinger, T. / Fell, J. / Subramanian, N. / Li, M. / Garcia, R. / Riggins, J. / Entwistle, D. / Richter, Y. / ...

履歴

登録	2024年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w0n.cif.gz	306.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w0n.ent.gz	190 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w0n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w0n_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w0n_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8w0n_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	8w0n_validation.cif.gz	38 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w0n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w0oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IRED

B: IRED

ヘテロ分子

57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IRED

B: IRED

ヘテロ分子

A: IRED

B: IRED

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.844, 127.698, 63.598
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.381, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-567- HOH
2	1	A-607- HOH
3	1	B-610- HOH
4	1	B-629- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 258 / Label seq-ID: 1 - 258

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	IRED 分子量: 28068.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 467分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: Crystals were found in 20% PEG3350 with 200 mM sodium dihydrogen phosphate when set up in sitting drop plates with 200 nL reservoir and 200 nL of 12 mg/mL protein in SD-2 plates at room temperature.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→48.5 Å / Num. obs: 102543 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 20.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.37→1.39 Å / 冗長度: 18 % / R_merge(I) obs: 0.985 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 4726 / CC_1/2: 0.914 / R_pim(I) all: 0.233 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.37→48.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / SU B: 1.327 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.044 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1438	5158	5.032 %
R_work	0.1188	97349	-
all	0.12	-	-
obs	-	102507	99.597 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.548 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.688 Å²	0 Å²	-0.523 Å²
2-	-	0.899 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.977 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→48.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3894	0	104	462	4460

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.667	1.642	5878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.575	1.568	9509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.873	5	558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.663	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.023	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.491	10	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.792	10	164
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	658
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	922
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3746
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.191	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.238	1.575	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.229	1.575	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.552	2.835	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.552	2.836	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.745	1.874	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.745	1.873	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.326	3.317	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.327	3.314	3121
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.966	20.823	19656
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.953	20.75	19639
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.256	3	8407
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.06	0.05	8931

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05996	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05996	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.401	0.213	359	0.183	6910	X-RAY DIFFRACTION	95.032
1.401-1.44	0.165	380	0.128	6968	X-RAY DIFFRACTION	99.8912
1.44-1.482	0.158	346	0.107	6848	X-RAY DIFFRACTION	99.9444
1.482-1.527	0.128	337	0.093	6644	X-RAY DIFFRACTION	99.8427
1.527-1.577	0.128	313	0.084	6457	X-RAY DIFFRACTION	99.9409
1.577-1.632	0.115	337	0.08	6242	X-RAY DIFFRACTION	99.9848
1.632-1.694	0.118	312	0.075	5991	X-RAY DIFFRACTION	99.9841
1.694-1.763	0.116	297	0.079	5810	X-RAY DIFFRACTION	99.9836
1.763-1.841	0.129	295	0.086	5533	X-RAY DIFFRACTION	99.9828
1.841-1.931	0.139	269	0.1	5321	X-RAY DIFFRACTION	99.9821
1.931-2.035	0.142	263	0.116	5045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.035-2.159	0.145	270	0.122	4756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.159-2.307	0.141	258	0.111	4476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.307-2.492	0.137	218	0.11	4180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.492-2.729	0.145	225	0.118	3826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.729-3.05	0.172	188	0.136	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.519	0.146	159	0.141	3097	X-RAY DIFFRACTION	100
3.519-4.304	0.124	156	0.125	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
4.304-6.063	0.172	110	0.149	2023	X-RAY DIFFRACTION	100
6.063-48.5	0.16	66	0.168	1146	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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