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- PDB-8w0h: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 from Candida albican... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w0h
タイトルCrystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 from Candida albicans in complex with an isopropyl AMP ester inhibitor (trigonal form)
要素Acetyl-coenzyme A synthetase 2
キーワードLIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Acetyl-coenzyme A synthetase 2
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA biosynthetic process / AMP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-YHQ / Acetyl-coenzyme A synthetase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 from Candida albicans in complex with an isopropyl AMP ester inhibitor (trigonal form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.
履歴
登録2024年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-coenzyme A synthetase 2
B: Acetyl-coenzyme A synthetase 2
C: Acetyl-coenzyme A synthetase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,71119
ポリマ-227,7253
非ポリマー2,98616
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.915, 113.915, 354.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Acetyl-coenzyme A synthetase 2


分子量: 75908.391 Da / 分子数: 3 / 変異: V403A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: ACS2 / プラスミド: CaalA.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NJN3

-
非ポリマー , 5種, 16分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物 ChemComp-YHQ / 5'-O-{(R)-hydroxy[(propan-2-yl)oxy]phosphoryl}adenosine


分子量: 389.301 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C13H20N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Berkeley G9: 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 , 45% PEG 400. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM HGN-1195 added to the protein prior to crystallization. plate 13752 well G9 drop 1. Puck: PSL-1808, Cryo: Direct.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月23日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→49.33 Å / Num. obs: 57351 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.181 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 579870
反射 シェル解像度: 2.95→3.03 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 1.598 / Num. measured all: 40067 / Num. unique obs: 4177 / CC1/2: 0.579 / Rpim(I) all: 0.543 / Rrim(I) all: 1.689 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_5233: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→49.33 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2235 2980 5.2 %
Rwork0.1875 --
obs0.1894 57263 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→49.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15321 0 194 0 15515
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51821573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3585794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042764
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-30.40131480.35172580X-RAY DIFFRACTION100
3-3.050.35381450.32282502X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.110.31881280.32552X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.170.27391190.25272588X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.230.30731420.23862519X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.30.3051430.23792528X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.380.28711420.24382563X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.460.27921190.24712591X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.550.2931250.25122565X-RAY DIFFRACTION100
3.56-3.660.25721640.20142544X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.780.23631330.18712553X-RAY DIFFRACTION100
3.78-3.910.20981420.1722584X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.070.20271300.16112584X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.250.19151650.15762534X-RAY DIFFRACTION100
4.25-4.480.19331320.15042601X-RAY DIFFRACTION100
4.48-4.760.16841510.13592590X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.130.19151330.14822603X-RAY DIFFRACTION100
5.13-5.640.19731490.17032619X-RAY DIFFRACTION100
5.64-6.460.20441640.18482598X-RAY DIFFRACTION100
6.46-8.130.20671490.18862688X-RAY DIFFRACTION100
8.13-49.330.18811570.15692797X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.38880.2441-1.61414.40121.62454.5625-0.1427-0.2186-0.03630.6390.28280.67571.0859-0.2426-0.19861.0493-0.11920.0440.74130.12710.737131.6805-84.535856.0242
24.55010.17051.42654.437-0.03993.11630.4294-0.1084-0.95640.70760.28320.00512.0620.1637-0.72941.76160.0518-0.15790.69840.0810.820938.4027-94.443752.1196
31.6982-1.10820.06761.50260.01052.01880.09740.38840.0718-0.1355-0.1684-0.6284-0.02940.51750.090.6145-0.08830.20620.7269-0.0440.87989.7352-39.27977.9088
41.27050.34020.18612.8256-0.22781.04920.1526-0.2597-0.30610.2994-0.1517-0.34330.01620.0521-0.00130.4396-0.0822-0.02950.53780.01290.478169.1895-49.244832.5278
51.6064-0.22330.21341.37880.29481.55090.1417-0.2794-0.44340.1671-0.103-0.46270.12580.0985-0.04280.4034-0.115-0.08090.46190.010.607977.768-51.478930.6443
61.6201-0.18260.03571.59860.58861.77050.00160.0431-0.1351-0.0379-0.035-0.5839-0.06950.380.04050.4056-0.1240.07490.55-0.03090.655886.5187-36.167321.811
71.73870.11331.78141.5586-0.20673.64980.1304-0.4262-0.33390.535-0.2754-0.7705-0.0737-0.0250.15450.6426-0.2262-0.18160.77310.07180.919592.1132-34.056543.1849
83.6819-0.9093-0.29673.42861.45325.87570.176-0.05340.2555-0.0999-0.1419-0.0684-1.15360.3959-0.13041.0752-0.2595-0.33261.03740.14551.0339101.4508-22.548547.7161
91.78730.24920.07151.2419-0.05250.9062-0.1150.04110.3448-0.19480.09540.1602-0.1542-0.06690.02440.5755-0.05360.02850.4905-0.05080.510934.8368-21.768813.3428
102.55060.21630.1872.2218-0.12211.6474-0.1394-0.57210.23350.39330.1290.0771-0.2288-0.3126-0.0130.7419-0.06740.07050.698-0.20220.446546.0735-21.07539.0993
111.57220.5690.15171.3536-0.72920.9623-0.0444-0.3690.30520.24640.00110.0372-0.0882-0.05490.07350.5682-0.01470.10360.5338-0.14570.417243.7193-21.650931.1784
121.9495-0.10080.29611.9483-0.00981.6002-0.1145-0.12390.4945-0.05790.07880.3091-0.3892-0.21270.02560.57470.06580.05610.4524-0.07120.553328.698-13.064321.431
130.43740.5261-0.08910.96271.46296.86190.17-0.41040.4490.3350.050.05210.3354-0.5279-0.21590.85020.08730.07650.9013-0.10480.960917.9857-13.763734.6298
144.0202-0.4523-2.31890.63330.38121.46990.5899-0.57970.9473-0.1992-0.03720.11550.02040.6483-0.45371.1911-0.0460.23131.0835-0.33961.168221.4174-6.214648.2751
152.33530.9564-1.25835.4471-0.26052.40740.10840.14810.6109-0.01890.04071.19130.1157-0.4611-0.15391.2476-0.07070.17831.058-0.07491.75294.5179-7.790744.2135
161.7886-0.08170.08231.48320.03091.23860.2225-0.0992-0.2309-0.0377-0.04110.13160.1739-0.1055-0.15420.4658-0.1143-0.03020.44620.05610.395335.3206-64.126622.3811
171.9829-0.50610.37741.6364-0.34361.25950.0654-0.4838-0.23970.33420.14250.2534-0.0606-0.2196-0.16920.5406-0.13110.05440.63410.13370.441532.6474-59.589338.6018
180.8909-0.07190.10621.4333-0.21331.75440.19440.0133-0.5236-0.0915-0.02980.32040.4273-0.2978-0.12660.5756-0.202-0.11050.41090.05850.610232.8668-77.649125.3671
190.4889-0.8262-1.21021.86731.8288.7786-0.0113-0.3192-0.19660.27470.14330.04370.65250.6757-0.06040.7411-0.1398-0.06440.58720.08940.827939.3082-84.87339.4627
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 585 through 620 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 621 through 683 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 20 through 65 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 249 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 250 through 397 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 398 through 531 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 532 through 632 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 633 through 685 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 20 through 136 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 137 through 249 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 250 through 339 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 340 through 531 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 532 through 584 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 585 through 633 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 634 through 685 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 20 through 198 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 199 through 339 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 340 through 531 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 532 through 584 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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