PDB-8w0d: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 from Candida albican...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w0d

タイトル

Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 from Candida albicans in complex with an isopropyl AMP ester inhibitor

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase 2

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Acetyl-coenzyme A synthetase 2

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA biosynthetic process / AMP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 from Candida albicans in complex with an isopropyl AMP ester inhibitor
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w0d.cif.gz	719.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w0d.ent.gz	598.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8w0d_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w0d_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8w0d_validation.xml.gz	62.5 KB	表示
CIF形式データ	8w0d_validation.cif.gz	87.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w0d	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

B: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

C: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

ヘテロ分子

229 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.487, 139.487, 544.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 2 分子量: 75908.391 Da / 分子数: 3 / 変異: V403A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: ACS2 / プラスミド: CaalA.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NJN3

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非ポリマー , 6種, 336分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-YHQ / 5'-O-{(R)-hydroxy[(propan-2-yl)oxy]phosphoryl}adenosine 分子量: 389.301 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₀N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Berkeley B12: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M (NH4)2SO4. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM HGN-1195 added to the protein prior to crystallization. plate 13752 well B12 drop 1. ...詳細: Berkeley B12: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M (NH4)2SO4. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM HGN-1195 added to the protein prior to crystallization. plate 13752 well B12 drop 1. Puck: PSL-1803, Cryo: 20% Glycerol + 80% crystallant.

結晶

マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.34 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Berkeley B12: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M (NH4)2SO4. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM HGN-1195 added to the protein prior to crystallization. plate 13752 well B12 drop 1. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月23日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→49.61 Å / Num. obs: 87265 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.241 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.248 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 1726771
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.4 % / R_merge(I) obs: 2.196 / Num. measured all: 129235 / Num. unique obs: 6323 / CC_1/2: 0.792 / R_pim(I) all: 0.496 / R_rim(I) all: 2.252 / Χ²: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5233: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→49.61 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2262	4333	4.98 %
R_work	0.1841	-	-
obs	0.1861	87045	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14183	0	106	322	14611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14658
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.632	19950
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.251	5278
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2173
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2563

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.73	0.4165	149	0.3362	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.76	0.3214	151	0.2862	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.8	0.3373	149	0.2738	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.83	0.2842	135	0.2464	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.87	0.3008	137	0.2458	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.91	0.2712	150	0.2303	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.95	0.3023	141	0.2258	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-2.99	0.2796	143	0.2186	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.04	0.2528	159	0.222	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.09	0.3185	126	0.2202	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.14	0.2621	148	0.2254	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.2	0.2793	145	0.2333	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.26	0.2731	161	0.2249	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.33	0.2558	135	0.2056	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.4	0.2732	127	0.2034	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.48	0.2456	158	0.1999	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.57	0.2368	143	0.1913	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-3.66	0.237	158	0.1807	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-3.77	0.2177	150	0.1843	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-3.89	0.2196	135	0.1763	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.03	0.2345	139	0.1712	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.19	0.2063	148	0.1567	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-4.38	0.1474	128	0.1404	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-4.62	0.1612	122	0.1295	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-4.9	0.1735	150	0.1296	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.28	0.184	145	0.1413	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
5.28-5.81	0.2262	149	0.1672	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
5.81-6.65	0.2042	137	0.1714	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
6.65-8.38	0.2042	154	0.1827	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
8.38-49.61	0.2028	161	0.1966	3115	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9325	-0.137	-0.1682	0.8801	0.0329	2.3929	0.0517	0.1451	0.0391	-0.0814	0.1037	-0.1268	-0.1259	0.1307	-0.1564	0.4156	-0.064	0.0335	0.3694	0.0263	0.435	21.3396	37.1084	-21.5439
2	1.981	0.39	0.0404	3.2993	-0.2519	2.5853	0.0181	-0.0056	-0.138	-0.1606	0.0788	0.1768	0.2519	-0.35	-0.0995	0.4062	-0.0968	-0.0529	0.5421	0.057	0.3656	-3.2886	24.6686	-27.5817
3	1.4275	-0.0299	-0.3298	0.9173	0.0634	1.6251	-0.0113	0.2212	-0.0657	-0.2146	0.0725	0.013	0.2265	-0.1575	-0.0813	0.4603	-0.0796	-0.001	0.4083	0.05	0.3544	10.5578	26.6692	-31.2386
4	0.7464	-0.1659	0.1092	1.475	-0.2139	1.5743	-0.001	-0.0003	-0.1109	-0.0786	0.1053	-0.08	0.2469	0.1123	-0.104	0.4573	0.024	0.0048	0.3917	-0.0011	0.4122	22.7122	19.6428	-15.3116
5	2.3917	-2.6019	1.2519	5.6412	-4.0798	4.7028	0.0613	0.2858	-0.0624	-0.7014	-0.1104	0.1395	0.1584	0.1259	0.0752	0.7803	-0.0844	-0.0335	0.4578	-0.0435	0.5061	15.0282	-5.9949	-15.5154
6	2.8569	-0.8252	-0.0301	1.5389	-0.6033	2.3752	0.1048	-0.3742	0.4637	0.2873	0.1457	-0.1353	-0.2809	0.04	-0.2636	0.6241	0.0593	0.0478	0.4564	-0.0398	0.6326	0.3191	69.0184	25.7155
7	1.2301	-0.1154	-0.0843	2.3358	-0.5093	1.664	-0.0569	0.0063	0.0692	0.0244	0.1357	0.236	0.1781	-0.31	-0.0923	0.3716	0.023	0.0721	0.4699	0.0667	0.385	-7.3184	41.4182	7.7782
8	0.8838	0.0856	-0.0623	1.3486	-0.0882	1.3275	-0.0515	-0.1449	0.0351	0.1634	0.1163	0.0135	0.0013	-0.1582	-0.0518	0.3981	0.076	0.0711	0.5023	0.0725	0.4739	-4.211	46.6132	21.154
9	1.6657	-0.3949	0.0941	1.8716	1.9202	2.6325	0.0063	0.0667	0.1605	0.0283	-0.0301	0.3796	-0.2169	-0.4426	0.045	0.499	0.1499	0.0916	0.5758	0.1573	0.5559	-20.0963	65.7566	16.7379
10	2.2449	-2.682	-2.3415	5.4076	2.3046	5.8886	-0.5642	0.2429	-1.0345	0.6829	-0.07	0.351	0.5699	-0.502	0.6658	0.9236	0.0572	0.1536	0.8372	0.0144	0.8851	-46.4077	59.7014	20.1227
11	1.9346	-2.6278	0.2535	8.6034	-0.7312	1.536	-0.8887	0.6643	-1.3004	-0.2103	0.2308	-0.3071	1.1214	-0.4935	0.5561	1.2889	-0.0783	0.5133	0.9608	-0.3054	1.4494	-45.1938	50.723	14.6258
12	0.7644	0.0348	0.4533	0.0659	-0.3156	2.6481	0.2463	0.4821	0.5811	-0.6873	-0.2037	-0.043	-0.5207	-0.3548	0.0071	1.1103	0.2491	0.0745	0.97	0.3915	0.8218	-13.5648	78.1987	-43.7112
13	1.1435	-0.0164	-0.4593	1.1364	0.2417	1.2806	0.0614	0.1266	0.0306	-0.1338	-0.0869	0.2219	-0.1172	-0.3704	0.0236	0.4302	0.0945	-0.0477	0.7423	0.1626	0.5921	-24.5485	54.7792	-18.8855
14	1.314	-0.5825	-0.8001	3.3875	-0.1535	1.1934	0.1348	0.2159	0.1599	-0.2504	-0.0701	0.2147	-0.3536	-0.524	-0.0661	0.5515	0.1607	-0.0405	0.8279	0.1671	0.6024	-19.9992	62.1899	-29.6291
15	0.4504	-0.4303	0.055	1.7209	0.0051	0.0187	0.0062	0.3135	0.2406	-0.2189	0.0605	0.3936	-0.5141	-0.7255	-0.0248	0.7365	0.3666	0.0096	1.0424	0.2685	0.8657	-32.9403	73.3135	-29.6666
16	1.0624	-0.2919	0.3911	1.6068	0.203	0.8648	0.1094	0.5665	0.2789	-0.4583	0.0659	0.31	-0.3133	-0.3065	-0.1385	0.7868	0.2229	-0.0513	0.9686	0.2807	0.6405	-18.5455	63.5634	-45.354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 136 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 137 through 249 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 250 through 411 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 412 through 584 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 585 through 685 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 20 through 65 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 66 through 249 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 250 through 467 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 468 through 556 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 557 through 620 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 621 through 685 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 20 through 65 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 66 through 287 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 288 through 339 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 340 through 411 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 412 through 548 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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