PDB-8w0c: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 from Candida albican...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w0c

タイトル

Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 from Candida albicans in complex with a cyclopentyl ester AMP inhibitor

要素

Acetyl-coenzyme A synthetase 2

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / Acetyl-coenzyme A synthetase 2

機能・相同性

機能・相同性情報

acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA biosynthetic process / AMP binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Acetyl-CoA synthetase 2 from Candida albicans in complex with a cyclopentyl ester AMP inhibitor
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w0c.cif.gz	727 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w0c.ent.gz	601.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w0c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8w0c_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w0c_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8w0c_validation.xml.gz	66.4 KB	表示
CIF形式データ	8w0c_validation.cif.gz	94.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w0c	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

B: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

C: Acetyl-coenzyme A synthetase 2

ヘテロ分子

230 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.409, 139.409, 543.793
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Acetyl-coenzyme A synthetase 2 分子量: 75908.391 Da / 分子数: 3 / 変異: V403A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: ACS2 / プラスミド: CaalA.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NJN3

-
非ポリマー , 6種, 587分子

#2: 化合物	ChemComp-YHF / 5'-O-[(S)-(cyclopentyloxy)(hydroxy)phosphoryl]adenosine 分子量: 415.338 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.28 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Berkeley B12: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M (NH4)2SO4. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM HGN-1192 added to the protein prior to crystallization. Plate: plate 13750 well B12, ...詳細: Berkeley B12: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M (NH4)2SO4. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM HGN-1192 added to the protein prior to crystallization. Plate: plate 13750 well B12, drop 2. Puck: PSL-1715, Cryo: 20% Glycerol + 80% crystallant.

結晶

マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.28 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Berkeley B12: 25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M (NH4)2SO4. CaalA.00629.a.FS11.PD00399 at 20 mg/mL. 2mM HGN-1192 added to the protein prior to crystallization. Plate: plate 13750 well B12, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月23日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→49.58 Å / Num. obs: 130936 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.207 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.212 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 2607480
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.6 % / R_merge(I) obs: 2.253 / Num. measured all: 195920 / Num. unique obs: 9531 / CC_1/2: 0.786 / R_pim(I) all: 0.508 / R_rim(I) all: 2.31 / Χ²: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_5233: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→49.58 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2096	6633	5.07 %
R_work	0.1809	-	-
obs	0.1823	130716	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14257	0	123	574	14954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	14769
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.705	20110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.463	5325
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	2190
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2582

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.38	0.3173	222	0.264	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.4	0.2547	242	0.241	4067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.43	0.2799	226	0.2278	4027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.46	0.274	225	0.2253	4055	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5	0.2669	243	0.2136	4046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.53	0.2505	245	0.2123	4063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.57	0.2484	210	0.2184	4057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.61	0.2513	197	0.2255	4082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.65	0.3183	216	0.2415	4090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.69	0.3349	216	0.253	4101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.74	0.2882	216	0.2414	4096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.79	0.257	230	0.2111	4059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.84	0.2163	206	0.19	4103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.9	0.226	227	0.1868	4067	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-2.96	0.2465	239	0.1963	4081	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.03	0.2539	222	0.1969	4115	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.11	0.2501	239	0.2081	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.19	0.2438	195	0.2214	4127	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.28	0.2546	200	0.2153	4134	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.39	0.2227	235	0.1886	4118	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.51	0.2042	205	0.181	4164	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.65	0.1857	206	0.1735	4147	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.82	0.2198	233	0.1759	4131	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.02	0.1974	210	0.1645	4191	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.27	0.158	221	0.1415	4158	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-4.6	0.1504	218	0.1308	4218	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6-5.06	0.1517	220	0.1315	4235	X-RAY DIFFRACTION	100
5.06-5.79	0.1868	198	0.1532	4303	X-RAY DIFFRACTION	100
5.79-7.29	0.1954	209	0.1752	4358	X-RAY DIFFRACTION	100
7.29-49.58	0.1825	262	0.1905	4592	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8183	-0.0053	-0.198	0.7517	0.1441	1.3928	-0.0319	0.1361	0.0229	-0.1132	0.0603	-0.0102	-0.0486	-0.0229	-0.027	0.4091	-0.027	0.0163	0.3491	0.0234	0.3733	14.0395	35.0649	-23.6892
2	1.0915	0.4139	0.1414	0.6287	0.1414	1.3493	0.0129	0.0753	-0.0775	-0.0995	0.0265	0.0325	0.1949	-0.3209	-0.0582	0.4385	-0.0697	-0.0135	0.4491	0.0322	0.3966	-2.1045	24.2656	-25.6104
3	0.7454	-0.0793	-0.2361	0.774	-0.1023	1.3358	-0.0869	0.0816	-0.0856	-0.1101	0.0733	-0.0987	0.1908	0.0893	-0.0052	0.4248	-0.0271	0.0478	0.3495	-0.0099	0.3934	22.5636	23.5265	-23.0646
4	3.182	0.562	-1.0655	2.685	-0.9697	2.208	0.4201	0.3072	-0.3478	-0.1767	-0.1669	0.0187	0.0355	-0.2296	-0.1794	0.6607	-0.0106	-0.0576	0.4849	0.0253	0.5502	9.8708	-3.0961	-17.9008
5	1.3799	-0.57	0.0925	2.4598	-1.5684	1.4967	-0.0407	0.2037	0.0252	-0.2506	-0.1446	0.0248	0.0258	0.0772	0.1646	0.6926	-0.0667	-0.0582	0.4479	0.0018	0.5002	15.4083	-6.0342	-14.5417
6	0.6608	-0.2915	-0.1634	0.7101	0.0635	0.547	-0.0538	-0.0634	0.0572	0.0751	0.0545	0.0735	0.0085	-0.0938	0.0066	0.3806	0.0322	0.049	0.4202	0.0452	0.4204	-9.494	50.6808	16.645
7	0.5847	-0.771	-0.3126	1.4891	-0.212	0.9098	-0.6816	0.3837	-1.1393	0.6168	-0.1203	0.4711	0.6671	-0.5557	0.443	0.8801	-0.0449	0.3378	0.5715	-0.1565	1.1764	-45.7549	52.1655	17.719
8	0.965	0.0892	-0.11	0.849	0.1879	0.2939	0.1422	0.3496	0.4075	-0.3989	-0.01	0.0724	-0.3615	-0.2111	-0.0628	0.6313	0.1351	0.009	0.5681	0.2264	0.5605	-12.5331	68.7403	-31.6865
9	1.1334	0.0626	-0.6768	1.2181	0.3955	1.2445	0.011	0.2282	0.0301	-0.0603	-0.1337	0.2948	0.0115	-0.3777	0.1095	0.4159	0.0613	-0.065	0.6573	0.0377	0.6158	-31.2533	51.3871	-16.3816
10	1.2274	-0.0321	-0.0198	0.6029	0.1261	0.7161	0.1291	0.4147	0.3783	-0.2645	-0.0517	0.2235	-0.3437	-0.331	-0.0379	0.6553	0.2272	-0.0593	0.75	0.2151	0.7278	-26.8842	69.7449	-32.4675
11	1.1767	-0.0507	0.0755	1.8881	-0.2463	1.0403	0.1513	0.6676	0.2235	-0.432	0.0513	0.2064	-0.2545	-0.1806	-0.1663	0.7147	0.163	-0.0609	0.9093	0.1962	0.5309	-14.9709	58.854	-47.6474

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 198 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 199 through 323 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 324 through 560 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 561 through 605 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 606 through 685 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 20 through 587 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 588 through 683 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 20 through 136 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 137 through 283 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 284 through 458 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 459 through 549 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)